Патогените са микроби, които причиняват болести в техните гостоприемници. Докато растенията обикновено имат по-голям страх от патогенни гъбички, пренасяни в почвата, отколкото от бактериални болести, пренасяни в почвата, различни патогенни бактерии, които живеят в почвата, причиняват болести и при растенията. Има твърде много видове патогени на почвените растения, за да бъдат изброени всички, но по-долу са някои от най-важните или често срещани. Няколко вида бактерии в почвата могат да се окажат опасни или дори смъртоносни за хората.
Clostridium botulinum
° С. botulinum е грам-положителна бактерия (т.е. бактерия, която тества положително при теста за оцветяване по Грам), която образува издръжливи, трайни спори. Когато спорите намерят подходящите условия, те покълват и започват да растат. Те могат да произведат смъртоносен протеин, наречен ботулинов токсин, който действа върху нервната система при хора и други бозайници, за да блокира освобождаването на ключов невротрансмитер, наречен ацетилхолин. ° С. спорите на ботулина се намират в почвата и водата в много региони по света. Те са анаеробни и растат само при липса на кислород; киселинните условия възпрепятстват растежа им. Въпреки че C. ботулин понякога причинява фатални случаи на хранително заболяване, наречено ботулизъм, мощният токсин, произведен от бактерията също стана полезна за парализиране на мускулната тъкан при хората като част от различни медицински или козметични средства процедури. Когато се използва като терапевтичен агент, ботулиновият токсин е известен с търговското си име, Botox.
Erwinia carotovora
Д. carotovora е силно разрушителен патоген, който причинява болести в широк спектър от растения, включително картофи и повечето други месести зеленчуци. Тази грам-отрицателна, пръчковидна бактерия може да нахлуе в посевите в полето или докато е на съхранение. Подвидът E. carotovora carotovora оцелява добре в почвата и повърхностните води; той може да расте в кореновите зони на много други нехостови култури или дори плевелни видове, да нахлува в картофи или други уязвими култури, когато се предлага възможност. Чести картофени заболявания, причинени от E. carotovora включват черен крак, въздушно гниене на стъблото и меко гниене на грудки.
Стрептомицес краста
Streptomyces scabies са грам-положителни бактерии, които заедно с два други вида Streptomyces (S. acidiscabies и S. turgidiscabies) може да зарази картофи и други кореноплодни растения като цвекло, репички, ряпа, моркови и пащърнак. Необичайно е, че докато расте, клетките образуват нишки, подобни на тези, образувани от гъбички - макар и далеч по-малки. Филаменти на S. крастата след това може да се отчупи, за да образува спори. Бактериите се разпространяват чрез нахлуване в млади, свежи тъкани и навлизане в по-старите тъкани чрез рани или естествени отвори.
Ксантомонада
Xanthomonas е род, който включва много важни растителни патогени. Въпреки че не се задържат много дълго в почвата, някои видове могат да оцелеят в почвата през зимата и да заразят нова реколта през пролетта. Както всички други протеобактерии, те са грамотрицателни. Видът X. campestris причинява черно гниене в голямо разнообразие от растения и е може би най-важният член на рода. По ирония на съдбата същата бактерия се отглежда в търговската мрежа, за да се получи ксантанова смола, обичайна хранителна добавка.
