ربما تكون الطريقة الأكثر أهمية التي تختلف بها جراثيم العفن عن الأبواغ البكتيرية هي تصنيف العفن على أنه يسمى الفطريات العليا. على هذا النحو ، فإنها تتميز بما يطلق عليه علماء الأحياء نوع الخلايا حقيقية النواة. من ناحية أخرى ، تتكون الأبواغ البكتيرية من البكتيريا - كمجموعة - مصنفة على أنها تحتوي على نوع من الخلايا بدائية النواة. يعد الاختلاف بين الخلية بدائية النواة والخلية حقيقية النواة أحد الاختلافات الأساسية في علم الأحياء. في أبسط العبارات ، تكون الخلية البكتيرية من الناحية الهيكلية أبسط بكثير.
الخلية حقيقية النواة - مثل تلك الموجودة في جراثيم العفن - مليئة بمركب من الهياكل الخلوية تسمى العضيات. تقوم العضيات بجميع أنواع وظائف الخلية ، وتعتبر النواة واحدة من أكثر العضيات وضوحا. تحتوي نواة الخلية حقيقية النواة في جراثيم العفن على الحمض النووي الذي يسمح للخلية بالعمل والتكاثر. هذا على عكس الأبواغ البكتيرية التي يكون فيها الحمض النووي أكثر أو أقل حرية في سيتوبلازم الخلية.
إلى جانب النواة ، تحتوي خلية بوغ العفن حقيقية النواة على عضيات مثل الشبكة الإندوبلازمية أو ER. تشبه ER بشكل أساسي متاهة من الأغشية المطوية يتم فيها تنفيذ العديد من العمليات الكيميائية الحيوية الحيوية للخلية. في جراثيم العفن ، يتم توصيل ER بالمغلف النووي ، وهو غشاء يحيط بنواة الخلية. هذا الترتيب غير موجود في الأبواغ البكتيرية.
لا تتميز الأبواغ البكتيرية فعليًا بأي مستوى من التطور الخلوي الموجود في جراثيم العفن حقيقية النواة. هناك فرق آخر بين الأبواغ البكتيرية وجراثيم العفن - إلى جانب اختلاف نوع الخلية الأساسي - وهو الدور الذي تلعبه في تاريخ حياة الكائنات الحية الخاصة بها. إن الأبواغ البكتيرية هي بنية مقاومة تتشكل داخل خلية بكتيريا. على عكس جراثيم العفن ، تم تكييف البكتريا البكتيرية خصيصًا لمقاومة الظروف البيئية المعاكسة. السمة الرئيسية للأبواغ البكتيرية هي مركب يسمى حمض ديبيكولينك. هذا المركب ، على الرغم من عدم انتشاره في جراثيم العفن ، له دور فعال في التوسط في مقاومة الأبواغ البكتيرية للظروف البيئية المعاكسة.
هناك العديد من الاختلافات الأخرى بين الأبواغ البكتيرية وجراثيم العفن. معظمهم ، مرة أخرى ، له علاقة بالتمييز الأساسي بين خلية حقيقية النواة والخلية بدائية النواة. توجد العديد من العضيات الأخرى إلى جانب تلك الموصوفة بالفعل في بوغ العفن ولكنها غائبة في الأبواغ البكتيرية. وتشمل هذه بنية تسمى جهاز جولجي وغيرها مثل ما يسمى النواة. النواة هي بنية داخل نواة الخلايا حقيقية النواة وتنشط في تخليق البروتين الضروري لوظيفة الخلية. تقوم الأبواغ البكتيرية بالعديد من وظائف الحياة الأساسية مثل جراثيم العفن ولكنها تفعل ذلك دون فوائد العضيات المتطورة الموجودة في بوغ العفن.