Мікроскопи використовувались у багатьох різних областях для спостереження за дрібними зразками. Існують різні типи мікроскопів, кожен із яких має власні методи перегляду різних аспектів даного зразка. Більшість мікроскопів мають набір об’єктивних лінз та лінзи окуляра, що дозволяють побачити збільшене зображення. Також до багатьох мікроскопів можна додати камеру, щоб робити знімки для подальшого аналізу. Навчальні мікроскопи, як правило, мають два набори окулярів, так що інша людина може бачити те саме зображення, що і людина, яка керує апаратом.
З'єднання
Найдорожчим і найпоширенішим мікроскопом, який використовується в лабораторіях, є складний мікроскоп. Ці мікроскопи використовують лінзи різної сили для збільшення об’єктів. У складених мікроскопах зазвичай є окуляр, набір дзеркал та об’єктив, які працюють разом. Зображення видно у двох вимірах. За допомогою кріплення мікроскопа камери спостерігач може зберігати зображення для подальшого аналізу.
Скануючий електронний мікроскоп
Скануючий електронний мікроскоп здатний спостерігати об'єкти із тривимірним зображенням. Зображення мають велике збільшення та високу роздільну здатність, але вони виглядають чорно-білими. Для отримання детальних зображень зразок покритий частинками золота. Електрони відскакують від позолоти для отримання зображення. Цей тип мікроскопа корисний для детального перегляду дуже дрібних предметів, а зображення зберігаються для подальшого перегляду. Загальними об’єктами, які переглядаються, є деталізовані зображення бактерій, вірусів та деяких клітинних компонентів.
Трансмісійний електронний мікроскоп
Цей тип мікроскопа використовує електрони для проходження через зразок. Двовимірні зображення створюються шляхом створення тонких фрагментів з високою роздільною здатністю та великим збільшенням. Промінні електронні мікроскопи корисні для отримання зображень через товщину зразка, а не лише поверхні. Оскільки вони дорогі, ці мікроскопи частіше можна знайти у великих науково-дослідних установах та університетах.
Стереоскоп
Стереоскопи можна використовувати для перегляду об’єктів у трьох вимірах. Збільшення не таке сильне, як у інших типах мікроскопів, але воно дозволяє побачити деталі, які інакше не можна було б побачити неозброєним оком. Їх також називають «дисекційними» мікроскопами, оскільки вони зазвичай використовуються для розсічення дрібних зразків.
Флуоресцентний мікроскоп
Мікроскопи можна використовувати для перегляду різних аспектів зразка, змінюючи спосіб створення зображення. Флуоресцентні мікроскопи використовують специфічні кольори світла для взаємодії з барвниками. У міру освітлення барвників певні структури можна ізолювати та розглядати за допомогою відповідних барвників. Цей тип мікроскопа корисний для спостереження за конкретними білками всередині клітини. Зазвичай прикріплюють камеру, щоб знімати зображення з мікроскопа.