У 19 столітті таксономія - класифікація живих організмів - була в моді в біології. Як аматори, так і професійні натуралісти були настільки захоплені захопленням збирання та виявлення істот, що рідкісні жуки були гарячим товаром. На той час про мікроорганізми та їх місце у світі живих історій було мало що відомо, і класифікація мікробіології не приділяла стільки уваги. Протягом десятиліть різко зросли знання про мікроби та методи ідентифікація мікроорганізмів, частина цього збільшення продемонстрована ефективною класифікацією мікроорганізми.
Складові таксономії
Таксономія має три складові: номенклатуру, класифікацію та ідентифікацію. Номенклатура - це просто присвоєння виду виду. Класифікація - це групування видів за спільними ознаками - деякі з них є фізичними, а деякі біохімічними. Ідентифікація - це використання особливостей організму, щоб визначити, де він належить у класифікаційній схемі. Сучасна таксономічна схема має найбільшу, найбільш інклюзивну групу - домени. Найменша група - це види. Від найбільш інклюзивного до найбільш конкретного рівні проходять так: домен, царство, тип, клас, порядок, сім’я, рід та вид. Ви, наприклад, є Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Мікроорганізми та домени
Мікроорганізми надзвичайно різноманітні. Вони визначаються не будь-яким конкретним видом структури або функції, а просто їх розміром. Мікроорганізми настільки дайвер, що потрапляють у всі три різні класифікації вищого рівня - усі три домени. Один домен - це бактерії, інший - археї, а остаточний - еукарія. Усі представники доменів бактерій та архей є одноклітинними мікроорганізмами. Вони обидві клітини без мембран відокремлюють свій генетичний матеріал від решти клітин - мембрани, які визначають ядро. Отже, усі царства, типи, класи, порядки, сім’ї, роди та види в межах доменів бактерій та архей є мікроорганізмами.
Одноклітинні протисти
Еукарія - це організми, клітини яких містять ядро. Багато еукаріотичних організмів є одноклітинними мікроорганізмами, але багато інших - наприклад, дерева секвої або ви - ні. Тож необхідні додаткові класифікації. Королівство Протіста в межах домену Еукарія складається лише з одноклітинних мікроорганізмів. Протисти розділені на три різні групи філ: чотири різні філи водоростей, чотири різні філи найпростіших та дві різні філи цвілі. Але всі організми, що знаходяться в межах цієї філи - все в межах королівства Протіста - є мікроорганізмами.
Мікроскопічні гриби
Королівство Гриби міститься в межах домену Eukarya. Деякі типи грибів містять мікроорганізми. Наприклад, вид Zygomycota містить мікроскопічні плісняви для хліба, а тип Ascomycota - дріжджі, а також мікробні шкідники та паразити. Лишайники - це симбіотична сукупність гриба та фотосинтезуючого організму - частково міститься в королівстві Гриби, а частково в інших царствах або навіть інших областях.