Клонування є актуальною етичною проблемою в науковому співтоваристві, але бактерії постійно клонують себе. У процесі, який називається бінарним поділом, одна бактерія подвоює свій розмір та генетичний матеріал, а потім розщеплюється, утворюючи дві однакові клітини.
Порівняно з поділом еукаріотичних клітин або мітозом, бінарний поділ є відносно простим процесом. По-перше, бактерія копіює свою ДНК - генетичний матеріал, який у бактерій є круговим. ДНК дає всю інформацію, необхідну для створення ідентичної клітини. Потім ДНК розділяється на протилежних кінцях клітини, а білки, необхідні для клітинного поділу, збираються в центрі клітини. Зазвичай бактерія також подвоює внутрішньоклітинну рідину, яка називається цитоплазмою. Білки розщеплюють клітину навпіл, і у більшості бактерій будується нова клітинна стінка для завершення поділу.
Перевага бінарного поділу з точки зору бактерій полягає в тому, що він швидкий і простий. З точки зору контролю та профілактики захворювань бінарний поділ є вигідним, оскільки він спрощує виробництво ліків. Зазвичай для лікування бактеріальної інфекції потрібен лише один препарат, оскільки всі бактерії однакові і реагуватимуть однаково. На жаль, проте, деякі бактерії розвивають стійкість до наркотиків через мутацію, що значно ускладнює лікування інфекцій.