Екосистема Флорида-Кіз складається з різноманітних середовищ існування, включаючи мангрові зарості, коралові рифи та соснові насадження, багаті унікальними видами. Люди також є частиною екосистеми, і їх діяльність впливає на всі місця проживання, а також на тварин та рослини, які їх населяють. Екосистема Кіз складається з невеликої площі суші, отже, вплив людської діяльності посилюється. Вплив включає забруднення води, збільшення кількості інвазійних видів, перелов риби, негативні наслідки човнового спорудження та розвитку міст, а також глобальні зміни клімату.
Людське населення району, відомого як Південно-Східна Флорида або Флорида-Кіз, з 1970 по 2008 рік зросло більш ніж на 3,9 мільйона. Апельсинові гаї поступилися місцем забудові, смуговим центрам, промисловості та шосе. Ці зміни призвели до руйнування природних середовищ існування. Крім того, зросло забруднення води, спричинене очищенням стічних вод та септичним переливом та зливом стоків, що містить нафту, пестициди та важкі метали.
У 2010 році Ключі було 3,8 мільйона відвідувачів. Багато з цих відвідувачів займалися такими видами діяльності, як риболовля. Окрім туристів та мешканців, які займаються цими рекреаційними заходами, комерційне рибальство є великою галуззю в цьому районі. Надмірний вилов вичерпав види в екосистемі Кіз, залишивши дрібніших риб і змінивши взаємодію складної харчової мережі.
Катання на човнах у цій області призвело не тільки до прямого поранення ламантин, спричиненого гвинтами, але й на гвинтах шрами на значних ділянках морської трави. Човни сідають на мілину і пошкоджують коралові рифи, коли якорі скребуть по цих ніжних утвореннях. Щороку в Ключах відбувається понад 500 заземлень. Це руйнує середовище проживання і негативно впливає на весь харчовий ланцюг, що призводить до подальшої втрати видів.
Коли люди рухаються, вони приносять із собою види з інших районів, які можуть потрапити в екосистему. Ці види можуть оселитися і, оскільки у них немає хижаків, стають дуже успішними, конкуруючими місцевими видами та змінюючи динаміку всієї екосистеми. До інвазивних тварин і рослин у штаті Флорида-Кіз належать крилатка та гвінейська трава. На додаток до всіх цих місцевих прямих та непрямих впливів, за прогнозами, наслідки глобального потепління нагріватимуть води в області на 4-10 градусів за Фаренгейтом та підняття рівня моря, можливо, спричиняючи зміни, які занадто швидкі для екосистеми ремонт.