Основним ефектом знищення середовища існування є зменшення біорізноманіття, що стосується різноманітності та чисельності різних видів тварин і рослин у певних умовах. Коли тварина втрачає природний дім або середовище існування, необхідні їй для виживання, її чисельність швидко зменшується, і вона рухається до вимирання. За підрахунками, 14 000 - 35 000 видів ризикують зникнути, і знищення середовища існування є однією з головних причин.
Запилення та розповсюдження насіння
Як дикі, так і сільськогосподарські рослини залежать від запилення для розмноження. Фрукти та овочі, які є ключовими компонентами раціону людини, залежать від переносу пилку від квітки до квітки від бджіл та інших комах. Коли знищення середовища існування зменшує сорти цих запилювачів, врожайність також падає. Наприклад, безжалі бджоли в Коста-Ріці, які гніздяться лише в лісах, збільшують урожайність кавових плантацій, розташованих поблизу лісових ділянок, на 20 відсотків. Багато рослин також покладаються на тварин, особливо тих, які їдять фрукти, для розповсюдження насіння. Знищення середовища проживання тварин цього типу може сильно вплинути на види рослин, які залежать від них.
Регулювання клімату
Біорізноманіття впливає на клімат головним чином шляхом регулювання кількості вуглекислого газу в атмосфері. Знищення лісових біотопів зменшує здатність лісів поглинати вуглекислий газ. Швидкість росту і дерев’янистість рослини визначає швидкість обороту вуглецю в ній. Ландшафтні схеми також важливі, оскільки по краях лісових уламків зменшується викид вуглецю. Морські екосистеми також відіграють значну роль у поглинанні вуглецю.
Боротьба зі шкідниками та хворобами
Шкідники часто націлені на певні типи рослин. Коли місця проживання знищуються, а різноманітність рослин зменшується, довкілля містить більше певного виду рослин. Це полегшує поширення шкідників. Різноманітність рослин забезпечує середовище існування для більшої кількості комах та інших тварин та природних ворогів шкідників. Грибкові хвороби рослин більш важкі в районах монокультури, де вирощують один тип культури.
Непрямі ефекти
Виробництво їжі, одягу та притулку для людей багато в чому опосередковано залежить від біорізноманіття екосистем. Велика різноманітність сільськогосподарських культур захищає фермерів від неврожаю. Знищення середовищ існування та зменшення видового різноманіття може зробити екосистеми більш вразливими до інвазивних видів та опосередковано вплинути на здоров’я та добробут людей. Дія інвазивних видів ілюструється тим, що сталося, коли бас був введений в озеро Гатун, Панама. Присутність окуня призвело до зменшення кількості хижаків личинок комарів та збільшення захворюваності на малярію.