Навіть вчені на 100 відсотків не впевнені, як саме утворюються аметистові геоди - або як формуються будь-які геоди. Досліджень не було багато, оскільки геодезії - це просто веселі наукові аномалії з незначними, якщо взагалі є, науковими перевагами. Це гірські породи, які зовні здаються рівнинними, але при відкритті виявляють порожнину посередині, заповнену красивими кристалами. Загальний науковий консенсус полягає у тому, що аметистові геоди створюються у двоступеневий процес. Спочатку відбувається утворення порожнини, а потім утворення кристалів.
Аметистова геода - це порожниста порода з кристалами аметисту, що вистилають внутрішні стінки, тому спочатку потрібно утворити порожнину. Це може статися скрізь, де є лава або знаходиться лава близько до земної поверхні. Як результат, аметистові геоди можна знайти в тисячах місць по всьому світу. Першим кроком природного процесу, що створює аметистові геоди, є утворення газових порожнин у лаві. Газові порожнини можуть утворюватися з бульбашок (так само, як карбонізація спричинює бульбашки у вашій соді). Деякі вчені вважають, що порожнини також можуть утворюватися при охолодженні потоків лави поблизу коріння дерев або інших речей, що стирчать із землі. Охолоджуюча лава повністю твердне перед заповненням навколо відслонення, створюючи порожнину.
Потім порожнини заповнюються рідиною, багатою кремнеземом, яка містить сліди заліза. З часом ця рідина утворює кристали - шестигранні піраміди (ромбоедри) аметисту. Кристали з кольором від світло-бузкового до насичено-фіолетового утворюються, коли в рідині є слід заліза, в результаті чого утворюються аметистові геоди.