Прісноводне та морське середовище позначають первинний розрив водних екосистем; морське середовище містить високий рівень солоності (концентрація солі), тоді як прісноводні райони зазвичай містять менше 1 відсотка. Прісноводні екосистеми включають водойми та озера, а також річки та струмки. До морських екосистем належать океани та коралові рифи.
Ставки та озера
Ставки та озера - відносно нерухомі водойми з невеликою або відсутністю течії, як правило, ізольовані від інших водойм, таких як річки та океани. Вони поділяються на три окремі зони: літоральну, лімнетичну та фундаментальну. Прибережна зона являє собою те, що найближче до берега. За умови сильного впливу сонячного світла та мілководдя це, як правило, найбільш біологічно різноманітна територія в даному озері чи ставку, містять кілька видів земноводних, водних птахів, ракоподібних, комах, риб та водоростей, а також як плаваючі, так і вкорінені рослини. Лімнетична зона включає територію озера / ставу, що знаходиться далі від берега, але найближче до поверхні води. Ця зона менш різноманітна, ніж прибережна зона, але більше, ніж прифундальна зона, через високий рівень впливу сонця. Профундальна зона включає найглибшу ділянку ставу чи озера. У фундаментальному житті майже виключно переважають бактерії, що розкладаються, і планктон.
Річки та потоки
Річки та потоки - це рухомі водойми, що витікають із джерела, наприклад джерела або талого льодовик, до гирла, яке може знаходитися в океані, більшому потоці або річці або в іншому типі водосховище. У міру подорожі води від джерела до гирла середовище екосистеми різко змінюється. Джерело потоку або річки має найвищий рівень чистоти та вмісту кисню. Протягом усього шляху вода, що мчить, збирає уламки в своєму потоці; до того моменту, коли вода доходить до гирла, вода стає каламутною. Як наслідок, на поверхню проникає мало сонячного світла, а рослинного життя не вистачає. У цих районах процвітають такі види риб, як соми, здатні виживати в умовах низького вмісту кисню.
Океани
Океани є одними з найрізноманітніших і географічно експансивних екосистем на землі. Океанічні екосистеми поділяються на чотири зони: припливна, пелагічна, донна і безодня. Припливна зона включає регіони, де води океану стикаються з сушею. Ця зона дуже динамічна завдяки постійній дії припливів і відпливів. Як правило, видове різноманіття вище в припливних зонах, які найчастіше занурюються водою. Подібно до лімнетичної зони в озерах, пелагічна зона включає відкритий океан подалі від берега, але ближче до поверхні води. У цьому регіоні мешкають різноманітні риби, водні рослини та великі ссавці. Бентосні та безодні зони складають другу за глибиною та найглибшу область океану відповідно. Через екстремальний тиск, темряву та холодні температури ці зони містять дуже різні форми життя. Щоб пережити повну нестачу сонячного світла, рослини та бактерії в зоні безодні збирають хімічну енергію з теплових отворів під поверхнею океанічного дна.
Коралові рифи
Екосистеми коралових рифів розташовані в океані; але завдяки своєму фізичному та біологічному складу вони сильно відрізняються від інших морських екосистем. Коралові рифи утворюються на мілководді з теплою температурою. Багато з цих екосистем сформувалися вздовж берегів материків. Хоча це може здаватися величезною скелею, кораловий риф насправді складається з колоній живих тварин, які закріплюються у твердій карбонатній оболонці кальцію. Ці колонії мають симбіотичні стосунки із зооксантеллами, типом водоростей, які живуть усередині і забезпечують їжу коралів. Хоча вони охоплюють відносно невелику площу, коралові рифи є одними з найбільш біологічно різноманітних екосистем на землі. Величезне різноманіття губок, ракоподібних, актиній, риб, водоростей, водних рослин та комах живе виключно в екосистемах коралових рифів.