Викопні копалини можна розділити на п’ять типів залежно від процесу їх збереження. Коли організм похований осадом, він може залишити поза собою скам'янілість, якщо осад перетвориться на камінь. Враження, залишені організмом у скелі, не є оригінальним матеріалом, таким як тканина та скелет від істоти. Органічний матеріал замінюється, перетворюється або розчиняється протягом геологічного часу.
Пермінералізація
Після того, як організм похований, порожні місця можуть потрапляти під грунтові води. Якщо вода багата мінералами, вони випадуть в осад або кристалізуються в тій же формі, що і організм. Кристали заповнюють і замінюють організм, який розчиняється. Якщо організм розкладається повільно, тоді може утворюватися більше кристалів, що забезпечує більш високий рівень деталізації.
Форми та зліпки
Часто організм з часом повністю видаляється шляхом розчинення або розпаду. Порожнини, що утворюються внаслідок зникнення організму, можуть заповнюватися осадом. Коли організм зник, у скелі залишається лише враження. Якщо копалина є негативним відбитком на зовнішній стороні організму, тоді утворюється цвіль. Якщо організм заповнений осадом, то це гіпс.
Перекристалізація
Якщо органічний матеріал не видалити, його можна змінити, щоб стати частиною викопного копалини. Тепло і тиск від поховання в осаді можуть змінити структуру вихідного матеріалу з організму. Кальцій у кістках може перекристалізуватися в кальцит або арагоніт. Рекристалізовані сполуки в організмі переставляються з утворенням нових мінералів. Перекристалізація відбувається найчастіше в кістках або оболонках з високим вмістом кальцію.
Карбонізація
Живі істоти містять велику кількість вуглецю. Коли їх поховають і стиснуть, вони можуть перетворитися на темно-чорні цвілі первісного організму. Сильне тепло і тиск здавлюють скам’янілість і спотворюють його. При достатній кількості тепла і тиску утворюється вугілля. Викопні листя рослин виявляються неспотвореними, але карбонізованими, оскільки вони лежать рівно і є двовимірними. Матеріал не видаляється методом карбонізації, а змінюється.
Біоімурація
Форми життя інколи зростають одна над одною. Морське життя, таке як корали, створює переплетені структури, які часто споживають або оточують інші шматки коралів або морської губки. Цвілеві грибки або порожнини можуть залишитися поза копалинними залишками коралів, які самі по собі є окремими скам'янілостями. Організм без твердої оболонки залишатиме порожні місця в більшій істоті, яка його оточує.