Hücrelerden çok daha küçük olan DNA parçalarının uzunluğunu ölçmek söz konusu olduğunda, mikrobiyologların bir hileye ihtiyacı vardır ve en uygunu jel elektroforezidir. Bu yöntem, DNA parçalarının yüklü olduğu gerçeğine dayanır ve daha pahalı olanlara bir alternatiftir. çift sarmal yapının keşfinden sorumlu olan X-ışını kristalografisi gibi yöntemler DNA'nın.
Jel Elektroforezi Nasıl Çalışır?
DNA molekülleri yüklü olduğu için bir elektrik akımından etkilenirler. Onları nötr bir jele yerleştirip jele bir akım yerleştirdiğinizde, moleküller pozitif elektrota (anot) doğru hareket eder. Farklı boyutlardaki DNA molekülleri aynı yükü taşıdığından, daha küçük olanlar daha hızlı hareket eder, bu nedenle bu işlem molekülleri bilinen büyüklükteki örneklerle karşılaştırılabilecek bantlara ayırır.
Temel Elektroforez Prosedürü
Jel genellikle, bir tampon çözeltisi içinde ısıtıldığında yarı katı, hafif gözenekli bir jel oluşturan bir polisakarit olan agarozdan yapılır. Bir uçta jel, kuyu adı verilen küçük girintiler oluşturur; burada araştırmacı, DNA örneklerini, DNA merdiveni adı verilen bilinen uzunluktaki referans örnekleriyle birlikte inceler. Merdiven parçalarının uzunlukları, X-ışını kristalografisi gibi başka bir yöntemle önceden belirlenmiştir.
Jel, iletken bir çözeltiye daldırıldığında ve voltaj uygulandığında, fragmanlar jelin içinden geçmeye başlar - önce küçük olanlar ve daha büyük, daha yavaş olanlar arkada. Sonunda büyüklüklerine göre tayf benzeri bantlar oluştururlar.
Bu gerçekleştiğinde, araştırmacı gücü kapatır, jele DVA bağlayıcı bir boya verir ve numuneleri ultraviyole ışık altında inceler. Araştırmacı, merdiveni referans olarak kullanarak, görünür bir banttaki parçaların her birinin boyutunu belirleyebilir. Sadece bantlar görülebilir – tek tek DNA parçaları görülemeyecek kadar küçüktür.
Bilinmeyen Parçaların Uzunluklarının Belirlenmesi
Bir örnekteki her bant, merdivende bir bantla eşleşmez, bu nedenle, bilim adamları bu bilinmeyen parçaların boyutlarını belirlemek için genellikle bir grafik çizerler. X ekseninde, merdivendeki her bir bandın milimetre cinsinden kat ettiği mesafe, y ekseninde ise her bir bandın boyutu bulunur. Noktalar bir eğri ile birleştirildiğinde, herhangi bir bandın boyutu, o bandın kat ettiği mesafeyi milimetre olarak ölçtükten sonra eğriden tahmin edilebilir.