Jel elektroforezinde, DNA veya protein numuneleri - tipik olarak büyüklüklerine göre - bir jel içinde hareket etmelerine neden olan bir elektrik alanı uygulanarak ayrılır. Jel elektroforezinin kullanımı biyomedikal araştırma laboratuvarlarında rutindir ve çeşitli farklı soruları yanıtlamak için kullanılır, bu nedenle sonuçları analiz etmenin gerçekten evrensel bir yolu yoktur.
Örneğin Western blot, Northern blot ve Southern blot gibi farklı tekniklerin tümü şunları içerir: jel elektroforezi.
eğer yapıyorsan agaroz jeli En yaygın prosedür türü olan DNA örneklerinin elektroforezi, tipik olarak en az iki şey yapmanız gerekir: 1) kesilmemiş olanı ayırt edin eklerden, çentikli plazmitlerden ve kesilmiş plazmitlerden plazmitler ve 2) çeşitli DNA parçalarının boyutunu standart bir eğri ile tahmin edin Excel veya hesap makinesi.
Hangi numunelerin hangi şeritlere yüklendiğini belirlemek için laboratuvar defterinize bakın. Jeliniz için kuyuları yüklediğinizde, her şeridin/numunenin kimliğini not etmiş olmalısınız.
Bir cetvel kullanarak, resminizdeki kuyulardan izleme boyasına kadar olan mesafeyi ölçün; DNA bantlarından herhangi birinden daha fazla seyahat etti (başka bir deyişle, jel). Bu numarayı kaydedin -- kullandığınız birimler önemli değil.
Resminizdeki kuyulardan "merdiven"deki bantların her birine olan mesafeyi ölçün, ardından bu mesafeyi yolun kat ettiği mesafeye bölün. izleme boyası grup. Bu hesaplama size her bandın göreli hareketliliğini verir.
Örnek: Takip eden boya bandının 6 inç gittiğini ve 5, 4,5 ve 3.5 inçlik üç bandımız olduğunu varsayalım.
Göreceli hareketlilikleri nedir? Cevap: Göreli hareketlilikleri 0,833, 0,75 ve 0,5833 elde etmek için 5, 4,5 ve 3.5'i 6'ya böleriz.
Üretici, tedarik ettikleri merdivenlerdeki her parçanın boyutunu size verir, bu nedenle bu bilgiye zaten sahip olmalısınız.
Verilere bir denklem sığdırmak için elektronik tablo programınızdaki Trend çizgisi işlevini kullanın. Bu denklem bir güç denklemi (ör. x^-2) olmalı ve verilere nispeten iyi uymalıdır (R-katsayısı en az 0.9). Bu bir eğri ve standart bir eğri oluşturur Excel.
Daha küçük DNA parçalarının jelde büyük DNA parçalarından daha uzağa gittiğini unutmayın, bu nedenle izleme boyasına en yakın olanlar en küçük olacaktır. Ancak, eğer plazmit (dairesel) DNA kesilmez, "süper sarılır" veya telefon kablosu gibi bükülür, bu da aslında onun seyahat etmesine neden olur. daha uzak aynı boyuttaki lineer DNA'dan farklıdır.
Aynı şekilde, tam olarak kesilmemiş "çentikli" bir plazmit, bir daha kısa aynı boyuttaki lineer DNA'dan daha uzak. Sonuç olarak, jelinizden kesilmemiş plazmitlerin boyutunu tahmin edemezsiniz.
Her şeritteki bantları, o şeritte yüklediğiniz örneğin kimliğiyle eşleştirin ve gördüğünüzün beklediğiniz gibi olup olmadığını belirleyin. Bu, denemenizin doğasına bağlı olacaktır.
Ancak genel olarak, bir insert plazmitini iki kısıtlama enzimi ile sindirirseniz, insertin plazmitten kurtulmasını beklersiniz.
Plazmitten çok daha küçük olduğu için, o şeritte biri yukarıya, diğeri aşağıya yakın iki bant görmeyi beklersiniz. Sadece bir kısıtlama enzimi ile kesilen bir plazmit, iki ile kesilen plazmitten biraz daha uzağa hareket eden sadece tek bir bant oluşturmalıdır. Kısıtlama enzimleri, ama hiçbir yerde kesici uç kadar yakın değil.
Kuyulardan kesilmiş plazmide olan mesafeyi ölçün ve cetvelinizle bantları yerleştirin. Eklerin ve kesilmiş plazmitlerin göreli hareketliliğini bulmak için bu sayıları izleme boyasının kat ettiği mesafeye bölün.
