Küf sporlarının bakteri endosporlarından farklı olmasının belki de en önemli yolu, küflerin sözde yüksek mantarlar olarak sınıflandırılmasıdır. Bu nedenle, biyologların ökaryotik hücre tipi dediği şeyi içerirler. Bakteriyel endosporlar ise bir grup olarak prokaryotik hücre tipine sahip olarak sınıflandırılan bakterilerden oluşur. Prokaryotik hücre ile ökaryotik hücre arasındaki fark, biyolojide temel bir farktır. En basit tabirle bakteri hücresi yapısal olarak çok daha basit bir hücredir.
Ökaryotik hücre - küf sporlarında olduğu gibi - organel adı verilen bir hücre yapıları kompleksi ile doludur. Organeller her türlü hücre fonksiyonunu yerine getirir ve en göze çarpan organellerden biri çekirdektir. Küf sporlarının ökaryotik hücre çekirdeği, hücrenin işlev görmesine ve çoğalmasına izin veren DNA'yı içerir. Bu, DNA'nın hücre sitoplazmasında az çok serbest olduğu bakteriyel endosporların aksinedir.
Çekirdeğin yanı sıra ökaryotik küf spor hücresi, endoplazmik retikulum veya ER gibi organelleri içerir. ER, esasen, hücre için hayati önem taşıyan birçok biyokimyasal işlemin gerçekleştirildiği katlanmış zarlardan oluşan bir labirent gibidir. Küf sporlarında ER, hücre çekirdeğini çevreleyen bir zar olan nükleer zarfa bağlıdır. Bakteriyel endosporlarda bu düzenleme yoktur.
Bakteriyel endosporlar, ökaryotik küf sporlarında bulunan hücresel gelişmişlik seviyesinin neredeyse hiçbirine sahip değildir. Bakteriyel endosporlar ve küf sporları arasındaki temel hücre tipi farklılıklarının yanı sıra diğer bir ayrım, ilgili organizmaların yaşam öykülerinde oynadıkları roldür. Bakteriyel endospor, bakteri hücresi içinde oluşan dirençli bir yapıdır. Küf sporlarından farklı olarak, bakteri endosporu, olumsuz çevresel koşullara direnmek için özel olarak uyarlanmıştır. Bakteriyel endosporların önemli bir özelliği, dipikolinik asit adı verilen bir bileşiktir. Bu bileşik, küf sporlarında yaygın olmasa da, bakteriyel endosporların olumsuz çevresel koşullara karşı direncine aracılık etmede etkilidir.
Bakteri endosporları ve küf sporları arasında çok sayıda başka fark vardır. Çoğu, yine ökaryotik ve prokaryotik hücre arasındaki temel ayrımla ilgilidir. Halihazırda tarif edilenlerin yanı sıra diğer birçok organel küf sporunda bulunur, ancak bakteriyel endosporda yoktur. Bunlara Golgi aygıtı adı verilen bir yapı ve sözde nükleolus gibi diğerleri dahildir. Nükleol, ökaryotik hücrelerin çekirdeği içindeki bir yapıdır ve hücre fonksiyonu için kritik olan protein sentezinde aktiftir. Bakteriyel endosporlar, küf sporları ile aynı temel yaşam işlevlerinin birçoğunu yerine getirirler, ancak bunu küf sporunda bulunan karmaşık organellerin faydaları olmadan yaparlar.