DNA analizi, farklı türde moleküler deneyleri ve biyolojik prosedürleri içerir. DNA, kırılgan ve karmaşık bir ham maddedir, bu nedenle onu işlemek ve analiz etmek, kimyasalların en kaliteli ve en saf şekilde hazırlanmasını gerektirir. Analize bağlı olarak, DNA çalışmasında asidik ve bazik çözeltilerden tamponlara ve boyalara kadar yüzlerce kimyasal yer alır. Bazı kimyasalların neden kullanıldığını anlamak, başarılı deneyler yapmanın ve doğru, güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde etmenin anahtarıdır.
DNA Saflaştırması için Etilendiamintetraasetat
Bilimsel çalışma için üç tip DNA saflaştırılır: genomdan DNA (genomik DNA), hücreden tüm DNA (toplam DNA) veya kendi kendine çoğalabilen plazmitlerden. Toplam hücre DNA saflaştırması, hücre lizizi sırasında hücrenin birçok zarının yok edilmesini sağlayan kimyasalları kullanır. Kimyasal etilendiamintetraasetat (EDTA) genellikle, magnezyum iyonlarının korunması için gerekli olan magnezyum iyonlarını uzaklaştırmak için kullanılır. hücre duvarlarının sertliği, bunların çökecekleri veya yırtılacakları noktaya kadar zayıflamasına neden olarak hücrenin içeriğini ve DNA'yı serbest bırakır. analiz. Ayrıca EDTA, hücrede normal olarak bulunan ve DNA'yı parçalayıp kullanılamaz hale getirebilen enzimleri inhibe ederek DNA'nın bütünlüğünü korur ve muhafaza eder.
DNA Amplifikasyonu için Magnezyum Klorür
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), bir DNA molekülünün birkaç bin kopyasını amplifiye etmek için kullanılan karmaşık bir analiz yöntemidir, ancak teknik sorunlar ve yanlışlıklar ile doludur. Bu nedenle birçok bilim insanı, belirli bir ilgi konusu gen için en uygun koşulu ve parametreleri bulmak için rutin olarak birkaç farklı PCR seti gerçekleştirir. Böyle bir optimizasyonu gerçekleştirmek için kullanılan bir kimyasal, PCR'de kullanılan DNA polimeraz enzimini stabilize eden ve enzimin aktivitesi için temel bir yardımcı faktör olarak görev yapan magnezyumdur. PCR'ler için, magnezyum klorür tamponu formunda magnezyum kullanılır.
DNA Boyama için Ethidium Bromide
Etidyum bromür, interkalasyon olarak bilinen bir süreçte bir DNA çift sarmalını oluşturan nükleotitler arasında kayarak DNA'ya bağlanan bir boyadır. Bu boya daha sonra bir ultraviyole lamba ile aydınlatılabilir, böylece etidyum bromürün bağlı olduğu DNA görselleştirilebilir. Bununla birlikte, etidyum bromürün düzgün bir şekilde görülebilmesi için en az 1 nanogram DNA gereklidir, bu nedenle PCR ile amplifiye edilmiş DNA'yı saptamanın bir yoludur. Ucuz ve yaygın olarak kullanılmasına rağmen, aynı zamanda kansere neden olduğu bilinen mutajenik bir kimyasaldır, bu nedenle laboratuvarlarda kullanımı son derece düzenlidir ve birçok bilim adamı daha az toksik alternatifler kullanmaya yönelmektedir.