Kromatografik teknikler, kimyasal bileşikleri bilinmeyen bir örnekten ayırmak için bilimsel laboratuvarlarda gerçekleştirilir. Numune bir çözücü içinde çözülür ve bileşiğin kolon malzemesine karşı çekimi ile ayrıldığı bir kolondan akar. Kolon malzemesine yönelik bu polar ve polar olmayan çekim, bileşiklerin zamanla ayrılmasına neden olan aktif kuvvettir. Günümüzde kullanılan iki tip kromatografi, gaz kromatografisi (GC) ve yüksek performanslı sıvı kromatografisidir (HPLC).
Gaz kromatografisi numuneyi buharlaştırır ve sistem boyunca helyum gibi bir soy gaz tarafından taşınır. Hidrojenin kullanılması daha iyi ayırma ve verimlilik sağlar, ancak birçok laboratuvar yanıcı doğası nedeniyle bu gazın kullanımını yasaklar. Sıvı kromatografisi kullanıldığında, numune sıvı halde kalır ve su, metanol veya asetonitril gibi çeşitli çözücüler tarafından yüksek basınçlar altında kolondan itilir. Her bir çözücünün farklı konsantrasyonları, her bir bileşiğin kromatografisini farklı şekilde etkileyecektir. Numunenin sıvı halde kalması, bileşiğin stabilitesini arttırır.
Gaz kromatografi kolonları çok küçük bir iç çapa sahiptir ve uzunlukları 10 ila 45 metre arasında değişebilir. Bu silika bazlı kolonlar dairesel bir metal çerçeve boyunca sarılır ve 250 derece Fahrenheit sıcaklığa kadar ısıtılır. Sıvı kromatografi kolonları da silika bazlıdır ancak yüksek miktarlarda iç basınca dayanacak kalın bir metal kasaya sahiptir. Bu kolonlar oda sıcaklığında çalışır ve uzunlukları 50 ila 250 santimetre arasında değişir.
Gaz kromatografisinde, sisteme enjekte edilen numune, kolondan taşınmadan önce yaklaşık 400 Fahrenheit derecesinde buharlaştırılır. Bu nedenle, bileşik, başka bir moleküle parçalanmadan veya bozulmadan yüksek sıcaklıklarda ısıya dayanabilmelidir. Sıvı kromatografik sistemler, numune ısıya maruz kalmadığı için bilim insanının daha büyük ve daha az kararlı bileşikleri analiz etmesine olanak tanır.