Bilim adamları bile ametist jeodezlerinin tam olarak nasıl oluştuğundan veya herhangi bir jeodezin nasıl oluştuğundan yüzde 100 emin değil. Çok fazla araştırma yapılmamıştır, çünkü jeotlar, bilimsel faydaları çok az olan eğlenceli bilimsel anomalilerdir. Dışarıdan sade görünen kayalardır, ancak açıldıklarında ortada güzel kristallerle dolu bir boşluk ortaya çıkar. Genel bilimsel fikir birliği, ametist jeodezlerinin iki aşamalı bir süreçte oluşturulduğu yönündedir. İlk önce boşluğun oluşumu ve ardından kristallerin oluşumu var.
Bir ametist jeodu, iç duvarları kaplayan ametist kristalleri olan içi boş bir kayadır, bu nedenle önce boşluk oluşturulmalıdır. Bu, dünyanın yüzeyine yakın lavların olduğu veya olduğu herhangi bir yerde olabilir. Sonuç olarak, ametist jeotları dünya çapında binlerce yerde bulunabilir. Ametist jeodezlerini oluşturan doğal süreçteki ilk adım, lavlarda gaz boşluklarının oluşmasıdır. Gaz boşlukları kabarcıklardan oluşabilir (tıpkı karbonatlaşmanın sodanızda kabarcıklara neden olması gibi). Bazı bilim adamları, boşlukların, ağaç köklerinin yakınında veya yerden dışarı çıkan diğer şeylerin yakınında soğuyan lav akıntıları olduğunda da oluşabileceğini teorileştirir. Soğuyan lav, yüzeyin etrafını doldurmadan önce tamamen sertleşerek bir boşluk oluşturur.
Boşluklar daha sonra eser miktarda demir içeren silika açısından zengin bir sıvı ile doldurulur. Zamanla, bu sıvı kristaller oluşturur - ametistin altı taraflı piramitleri (eşkenar dörtgenler). Açık liladan koyu mora kadar değişen bir renge sahip kristaller, sıvıda bir demir izi olduğunda oluşur ve ametist jeotları ile sonuçlanır.
