มีการใช้กล้องจุลทรรศน์ในหลายสาขาเพื่อสังเกตชิ้นงานตัวอย่าง กล้องจุลทรรศน์มีหลายประเภท แต่ละแบบมีวิธีในการดูตัวอย่างที่กำหนดในแง่มุมต่างๆ กล้องจุลทรรศน์ส่วนใหญ่มีชุดเลนส์ใกล้วัตถุและเลนส์ใกล้ตาที่ช่วยให้มองเห็นภาพขยายได้ สามารถเพิ่มกล้องลงในกล้องจุลทรรศน์หลายตัวเพื่อนำภาพมาวิเคราะห์ในภายหลัง โดยทั่วไปแล้ว กล้องจุลทรรศน์สำหรับการสอนจะมีช่องมองภาพสองชุด เพื่อให้บุคคลอื่นเห็นภาพเดียวกันกับผู้ที่ใช้อุปกรณ์
สารประกอบ
กล้องจุลทรรศน์ราคาถูกและใช้กันทั่วไปในห้องปฏิบัติการคือกล้องจุลทรรศน์แบบผสม กล้องจุลทรรศน์เหล่านี้ใช้เลนส์ที่มีจุดแข็งต่างๆ เพื่อขยายวัตถุ กล้องจุลทรรศน์แบบผสมมักจะมีช่องมองภาพ ชุดกระจก และเลนส์ใกล้วัตถุที่ทำงานร่วมกัน ภาพที่เห็นเป็นสองมิติ ด้วยความช่วยเหลือของสิ่งที่แนบมากับกล้องไมโครสโคป ผู้สังเกตการณ์สามารถบันทึกภาพเพื่อการวิเคราะห์ในภายหลัง
สแกนกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน Electro
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดสามารถสังเกตวัตถุด้วยภาพสามมิติได้ รูปภาพมีกำลังขยายสูงและความละเอียดสูง แต่จะปรากฏเป็นขาวดำ เพื่อให้ได้ภาพที่มีรายละเอียด ชิ้นงานจะถูกเคลือบด้วยอนุภาคทองคำ อิเล็กตรอนกระเด็นออกจากการชุบทองเพื่อสร้างภาพ กล้องจุลทรรศน์ประเภทนี้มีประโยชน์ในการดูวัตถุขนาดเล็กมากในรายละเอียดที่ละเอียดและภาพจะถูกบันทึกไว้เพื่อดูในภายหลัง วัตถุทั่วไปที่ดูเป็นภาพที่มีรายละเอียดของแบคทีเรีย ไวรัส และส่วนประกอบบางอย่างของเซลล์
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน
กล้องจุลทรรศน์ประเภทนี้ใช้อิเล็กตรอนเพื่อผ่านตัวอย่าง ภาพสองมิติถูกสร้างขึ้นโดยการสร้างชิ้นบาง ๆ ที่มีความละเอียดสูงและกำลังขยายสูง กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านมีประโยชน์ในการรับภาพที่ผ่านความหนาของชิ้นงานทดสอบ ไม่ใช่แค่เพียงพื้นผิว เนื่องจากมีราคาแพง กล้องจุลทรรศน์เหล่านี้จึงมีแนวโน้มที่จะพบได้ในศูนย์วิจัยและมหาวิทยาลัยที่สำคัญๆ
Stereoscope
Stereoscopes สามารถใช้เพื่อดูวัตถุในสามมิติ กำลังขยายไม่แรงเท่าในกล้องจุลทรรศน์ประเภทอื่น แต่ช่วยให้คุณเห็นรายละเอียดที่อาจมองไม่เห็นด้วยตาเปล่า กล้องจุลทรรศน์เหล่านี้เรียกอีกอย่างว่ากล้องจุลทรรศน์ "ผ่า" เนื่องจากมักใช้เพื่อช่วยในการผ่าตัวอย่างขนาดเล็ก
กล้องจุลทรรศน์เรืองแสง
กล้องจุลทรรศน์สามารถใช้เพื่อดูแง่มุมต่างๆ ของตัวอย่าง โดยวิธีสร้างภาพที่แตกต่างกันไป กล้องจุลทรรศน์เรืองแสงใช้สีของแสงเฉพาะเพื่อทำปฏิกิริยากับสีย้อม เมื่อสีย้อมสว่างขึ้น โครงสร้างบางอย่างสามารถแยกและดูได้ด้วยสีย้อมตามลำดับ กล้องจุลทรรศน์ชนิดนี้มีประโยชน์ในการสังเกตโปรตีนเฉพาะภายในเซลล์ มักจะติดกล้องเพื่อจับภาพจากกล้องจุลทรรศน์