แบคทีเรียเป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวขนาดเล็กที่มีประโยชน์และเป็นอันตรายต่อมนุษย์ แบคทีเรียบางชนิดช่วยให้เรามีชีวิตอยู่ได้ เช่น แบคทีเรียที่ช่วยสลายอาหารในลำไส้ของเรา รูปแบบอื่นๆ เช่น แบคทีเรียที่ทำให้เกิดกาฬโรค สามารถฆ่าคนได้หากไม่ได้รับการรักษา มีแบคทีเรียหลายชนิดและพวกมันหายใจโดยใช้วิธีการต่างๆ วิธีการหลักสองวิธีในการหายใจด้วยแบคทีเรียคือการหายใจแบบใช้ออกซิเจนและการหายใจแบบไม่ใช้ออกซิเจน
แบคทีเรียรูปแบบการหายใจแบบใช้ออกซิเจนต้องการออกซิเจนในการดำรงชีวิต พวกเขาใช้ออกซิเจนเป็นเชื้อเพลิงเพื่อช่วยในการเผาผลาญพลังงานและจัดหาพลังงานที่จำเป็นสำหรับชีวิต การหายใจด้วยแบคทีเรียชนิดนี้เป็นชนิดเดียวกับที่มนุษย์ใช้ จึงเป็นที่มาของคำว่า "การออกกำลังกายแบบแอโรบิก" ผลพลอยได้ที่สำคัญของการหายใจแบบใช้ออกซิเจนจากแบคทีเรียคือคาร์บอนไดออกไซด์
แบคทีเรียหลายชนิดหายใจแบบไม่ใช้ออกซิเจน กล่าวอีกนัยหนึ่งพวกเขาสามารถผ่านกระบวนการหายใจโดยไม่มีออกซิเจน แทนที่จะใช้ออกซิเจนเพื่อช่วยในการเผาผลาญพลังงานในอาหาร แบคทีเรียประเภทนี้ใช้สารเคมีอื่นๆ ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติเพื่อสร้างปฏิกิริยาเคมีและปล่อยพลังงานที่ต้องการ สารเคมีที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติทั่วไป ได้แก่ ไนเตรต ซัลเฟต และคาร์บอนไดออกไซด์ การหายใจแบบไม่ใช้ออกซิเจนในแบคทีเรียมักสร้างผลพลอยได้มากมาย ผลพลอยได้หลายอย่างเหล่านี้อาจเป็นพิษหรือเป็นอันตรายต่อมนุษย์ รวมถึงเอธานอลและไฮโดรเจน