ไอโซเมอร์เป็นสารเคมีที่มีอะตอมชนิดเดียวกันและปริมาณเท่ากัน แต่ยังมีสารประกอบต่างกัน ไอโซเมอร์ชนิดหนึ่งคือไอโซเมอร์ที่มีโครงสร้าง ซึ่งอะตอมเดียวกันเชื่อมต่อกันในรูปแบบต่างๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น คาร์บอนสองชนิด ไฮโดรเจนหกชนิด และออกซิเจนหนึ่งชนิดสามารถจัดเรียงเพื่อสร้างไดเอทิลอีเทอร์ (CH3OCH3) หรือเอทานอล (CH3CH2OH) คาร์บอนหกชนิดและไฮโดรเจน 12 ชนิดที่พบในสูตร C6H12 สามารถจัดเรียงเพื่อสร้างไอโซเมอร์โครงสร้างที่แตกต่างกัน 25 ชนิดที่น่าประหลาดใจ
วาดโครงสร้างวงแหวนหกคาร์บอนหนึ่งอันที่เป็นไปได้: ไซโคลเฮกเซน โครงสร้างนี้วาดโดยการรวมคาร์บอนทั้งหกตัวเข้าด้วยกันเป็นวงกลมเพื่อให้เกิดวงแหวน ดึงไฮโดรเจนสองตัวที่ติดอยู่กับคาร์บอนทุกตัว
วาดโครงสร้างวงแหวนห้าคาร์บอนแทนหนึ่งที่เป็นไปได้: เมทิลไซโคลเพนเทน โครงสร้างนี้วาดโดยการรวมคาร์บอนห้าตัวในวงแหวน ดึงคาร์บอนที่เหลือด้วยไฮโดรเจนสามตัว (นั่นคือกลุ่ม "เมทิล" CH3-) ที่ติดอยู่กับคาร์บอนตัวใดตัวหนึ่งในวงแหวนนั้น
วาดโครงสร้างวงแหวนสี่คาร์บอนที่ถูกแทนที่ที่เป็นไปได้สี่แบบ: 1,1-ไดเมทิลไซโคลบิวเทน, 1,2-ไดเมทิลไซโคลบิวเทน, 1,3-ไดเมทิลไซโคลบิวเทน และเอทิลไซโคลบิวเทน โครงสร้างเหล่านี้วาดโดยการดึงคาร์บอนสี่ตัวในวงแหวน กลุ่ม CH3- สองกลุ่มเข้าร่วมกับคาร์บอนที่หมายเลขตำแหน่งที่ปรากฏที่จุดเริ่มต้นของชื่อ สามารถเลือกคาร์บอนใด ๆ ในวงแหวนเป็นหมายเลข 1 คาร์บอนสองจะเป็นหนึ่งถัดไป ดำเนินการต่อในรูปแบบนั้นจนกว่าคาร์บอนทั้งสี่จะเสร็จสมบูรณ์ ข้อยกเว้นคือเอทิลไซโคลบิวเทนซึ่งมีหมู่ "เอทิล" CH3CH2- ติดอยู่กับคาร์บอนตัวใดตัวหนึ่งในวงแหวน
วาดโครงสร้างวงแหวนสามคาร์บอนที่ถูกแทนที่ได้หกแบบ: 1,2,3-ไตรเมทิลไซโคลโพรเพน 1,1,2-ไตรเมทิลไซโคลโพรเพน, 1-เอทิล-1-เมทิลไซโคลโพรเพน, 1-เอทิล-2-เมทิลไซโคลโพรเพน, โพรพิลไซโคลโพรเพนและ ไอโซโพรพิลไซโคลโพรเพน โครงสร้างเหล่านี้วาดโดยการดึงคาร์บอนสามตัวในวงแหวน เช่นเคย ติดกลุ่มที่เหมาะสมที่คาร์บอนที่เหมาะสมตามหมายเลขรอบวงแหวน กลุ่ม CH3- ถูกวาดโดยพบเมทิลในชื่อ กลุ่ม CH3CH2- เมื่อพบเอทิล CH3CH2CH2- สำหรับโพรพิลและ (CH3)2CH2- สำหรับไอโซโพรพิล
วาดโครงสร้างสี่คาร์บอนเชิงเส้นสี่เส้นที่มีพันธะคู่หนึ่งพันธะ: 2-เอทิล-1-บิวทีน [CH2=C(CH2CH3)CHCH2CH3], 2,3-ไดเมทิล-2-บิวทีน [CH3C(CH3)=C(CH3)CH2CH3], 2,3-ไดเมทิล-1-บิวทีน [CH2=C(CH3)CH(CH3)CH3] และ 3,3-ไดเมทิล -1-บิวทีน [CH2=CHC(CH3)(CH3)CH2CH3].
วาดโครงสร้างห้าคาร์บอนเชิงเส้นหกโครงสร้างที่มีพันธะคู่หนึ่งพันธะ: 2-เมทิล-1-เพนทีน [CH2=C(CH3)CH2CH2CH3], 3-เมทิล-1-เพนทีน [CH2=CHCH(CH3)CH2CH3], 4-เมทิล-1-เพนทีน [CH2=CHCH2CH(CH3)CH3], 2-เมทิล-2-เพนทีน [CH3C(CH3)=CHCH2CH3], 3-เมทิล-2-เพนทีน [CH3CH=C(CH3)CH2CH3] และ 4-เมทิล-2-เพนทีน [CH3CH=CHCH(CH3)CH3].
วาดโครงสร้างหกคาร์บอนเชิงเส้นสามโครงสร้างที่มีพันธะคู่หนึ่งอัน: 1-เฮกซีน [CH2=CHCH2CH2CH2CH3], 2-เฮกซีน [CH3CH=CHCH2CH2CH3] และ 3-เฮกซีน [CH3CH2CH=CHCH2CH3]