การบำบัดน้ำเพื่อสุขภาพและความปลอดภัยมักใช้คลอรีนเพราะคลอรีนฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ที่ก่อให้เกิดโรคที่เกิดจากน้ำ เช่น ไข้ไทฟอยด์และอหิวาตกโรค แต่การใช้น้ำบางอย่าง เช่น การเก็บตู้ปลาหรือการผลิตเบียร์ที่บ้าน ต้องใช้น้ำที่ปราศจากคลอรีน และหลายคนชอบดื่มน้ำที่ไม่มีกลิ่นและรสของคลอรีนที่โดดเด่น
วิธีที่ง่ายที่สุดในการกำจัดคลอรีนคือการปล่อยให้คลอรีนระเหยออกจากน้ำ คลอรีนเป็นก๊าซที่อุณหภูมิห้อง และในน้ำ คลอรีนเป็น "ตัวถูกละลายที่ระเหยง่าย" ซึ่งหมายความว่าโมเลกุลของคลอรีนจะกระจายตัวอยู่ในน้ำ และจะหลบหนีไปในอากาศเมื่อเวลาผ่านไป ระยะเวลาที่ต้องการจะแตกต่างกันไปตามอุณหภูมิของอากาศและน้ำ การให้ความร้อนหรือต้มน้ำจะทำให้กระบวนการเร็วขึ้น ปัจจัยอีกประการหนึ่งคือปริมาณพื้นที่ผิวสำหรับปริมาตรของน้ำ ภาชนะปากกว้างจะช่วยให้คลอรีนสลายตัวได้เร็วขึ้นเพราะจะทำให้ผิวน้ำสัมผัสกับอากาศมากขึ้น วิธีนี้จะกำจัดคลอรีนเท่านั้น และระบบบำบัดน้ำสมัยใหม่จำนวนมากใช้คลอรามีน คุณไม่สามารถพึ่งพาการระเหยเพื่อกำจัดคลอรามีนได้ ดังนั้นหากคุณกำลังเปลี่ยนอ่างเลี้ยงปลา ให้ตรวจสอบกับแผนกน้ำของคุณเพื่อดูว่าพวกเขาใช้คลอรามีนหรือไม่ หากเป็นเช่นนั้น คุณจะต้องใช้วิธีอื่นเพื่อให้แน่ใจว่าน้ำปลอดภัยสำหรับปลาของคุณ
คลอรีนสามารถขจัดออกได้โดยการกรองน้ำผ่านตัวกรองด้วยถ่านกัมมันต์ในรูปแบบเม็ดหรืออนุภาค คาร์บอนทำงานโดยการดูดซับ พันธะโมเลกุลของคลอรีนไอออนกับพื้นผิวของถ่าน ตามที่กระทรวงสาธารณสุขมินนิโซตาระบุ สิ่งสำคัญคือต้องปรับขนาดตัวกรองให้เหมาะสมกับปริมาณน้ำที่จะบำบัด และต้องเปลี่ยนถ่านเป็นระยะ วิธีการกรองอีกวิธีหนึ่งคือ ฟลักซ์การย่อยสลายทางจลนศาสตร์: ใช้โลหะผสมทองแดง-สังกะสีเพื่อเปลี่ยนคลอรีนอิสระเป็นคลอไรด์ผ่านกระบวนการออกซิเดชัน ในการกำจัดคลอรามีน จำเป็นต้องใช้ตัวกรองคาร์บอนขนาดใหญ่ (เพื่อขจัดส่วนคลอรีนของโมเลกุลคลอรามีน) ตามด้วยรีเวิร์สออสโมซิสหรือตัวกรองไอออนบวก (เพื่อขจัดแอมโมเนีย)
สารเคมีหลายชนิดสามารถขจัดคลอรีนออกจากน้ำได้ บางชนิด เช่น ซัลเฟอร์ไดออกไซด์ เป็นพิษและเป็นอันตรายต่อการจัดการ สารอื่นๆ เช่น กรดแอสคอร์บิกหรือวิตามินซี ปลอดภัยกว่าหรือรับประทานได้ ตัวเลือกอื่นๆ ได้แก่ โซเดียมไธโอซัลเฟต โซเดียมซัลไฟต์ หรือโซเดียมไบซัลไฟต์ ผลพลอยได้ที่เกิดขึ้นจะแตกต่างกันไป และในบางกรณี -- การปล่อยน้ำที่ปราศจากคลอรีนลงสู่ลำธาร เช่น -- กฎระเบียบด้านสิ่งแวดล้อมอาจมีผลบังคับใช้เนื่องจากผลที่ตามมา เช่น ออกซิเจนที่ละลายในน้ำลดลงในการรับ ลำธาร สิ่งนี้เรียกว่า "การขับออกซิเจน" อีกครั้ง หากคุณกำลังพยายามทำให้น้ำของคุณบริสุทธิ์สำหรับการใช้งานอย่างตู้ปลา ตรวจสอบว่าน้ำดื่มของคุณได้รับการบำบัดด้วยคลอรามีนหรือไม่ และหากเป็นเช่นนั้น คุณจะต้องใช้สารเคมีที่แตกต่างกันสำหรับ การวางตัวเป็นกลาง