ระบบนิเวศของป่าฝนเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของชุมชนสัตว์ที่หนาแน่นและมีความหลากหลายมากที่สุดในโลก อย่างไรก็ตาม ป่าดิบชื้นมักถูกเอารัดเอาเปรียบจากทรัพยากรอันอุดมสมบูรณ์ การปฏิบัติของมนุษย์ เช่น การทำเหมืองและการตัดไม้ทำลายป่ามีผลกระทบร้ายแรงต่อแหล่งที่อยู่อาศัยเหล่านี้ ทำให้สัตว์นับไม่ถ้วนต้องสูญเสียบ้านเรือนในอัตราที่น่าตกใจ
นก
นกทูแคน นกแก้ว และนกเขตร้อนหลายชนิดในป่าฝนทางตอนใต้และอเมริกากลางถูกคุกคามด้วยการสูญพันธุ์อันเนื่องมาจากการตัดไม้และสาเหตุอื่นๆ ของการตัดไม้ทำลายป่า นกอินทรีฮาร์ปีเป็นหนึ่งในสายพันธุ์นกอินทรีที่ใหญ่ที่สุดที่รู้จักกันทั่วโลก เจริญเติบโตในที่ราบลุ่มของป่าฝนเขตร้อนตั้งแต่ทางใต้ของเม็กซิโกไปจนถึงโบลิเวียตะวันออก ที่อยู่อาศัยของนกตัวนี้กำลังหดตัวลงอย่างต่อเนื่องเนื่องจากการตัดไม้ทำลายป่าที่ชัดเจน เช่นเดียวกับการทำลายแหล่งทำรังจากการปฏิบัติทางอุตสาหกรรม เช่น การขุดและการขุดเจาะน้ำมัน การสูญเสียถิ่นที่อยู่ยังคุกคามนกอพยพหลายพันสายพันธุ์ สายพันธุ์เหล่านี้เดินทางขึ้นเหนือในช่วงฤดูร้อนของอเมริกาเหนือและกลับสู่เขตร้อนในช่วงฤดูหนาว กลับมามากขึ้นทุกปีเพื่อไม่พบบ้านและ/หรือสถานที่ทำรังที่ถูกทำลาย
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายชนิดกำลังสูญเสียบ้านของพวกเขาในป่าฝนตั้งแต่หนูที่เล็กที่สุดไปจนถึงสัตว์กินเนื้อที่ใหญ่ที่สุด สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดใหญ่จำนวนมากต้องการพื้นที่หาอาหารและ/หรือล่าสัตว์ ในขณะที่แนวทางปฏิบัติทางอุตสาหกรรมก้าวหน้าในบางพื้นที่ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในป่าดิบชื้น เช่น กอริลล่า จากัวร์ และเสือพูมาต้องกักขังตัวเองในแหล่งที่อยู่อาศัยที่กระจัดกระจายซึ่งมีทรัพยากรไม่เพียงพอ การตัดไม้ทำลายป่าส่งผลกระทบโดยตรงต่อสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมบนต้นไม้ (พวกที่อาศัยอยู่ในต้นไม้) เช่น กระรอกบิน ค้างคาวผลไม้ รวมถึงลิงหลายชนิด ชุมชนทั้งหมดไม่มีที่อยู่อาศัย บังคับให้พวกเขาปรับตัวเข้ากับสภาพแวดล้อมที่ไม่มีต้นไม้ซึ่งพวกเขาไม่ได้เตรียมตัวไว้
สัตว์เลื้อยคลานและสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ
การตัดไม้ทำลายป่าเป็นสาเหตุหลักของการสูญเสียแหล่งที่อยู่อาศัยของสัตว์เลื้อยคลานในป่าฝนส่วนใหญ่ ในขณะที่สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำหลายสายพันธุ์ก็สูญเสียที่อยู่อาศัยเช่นกันเนื่องจาก การขุดเจาะน้ำมันและการขุดที่ปนเปื้อนบ่อน้ำ แม่น้ำ และลำธาร ทำให้พวกเขาต้องหาแหล่งน้ำใหม่สำหรับวิถีชีวิตกึ่งน้ำ สัตว์เลื้อยคลานและสัตว์สะเทินน้ำสะเทินบกที่ถูกคุกคามและใกล้สูญพันธุ์ ได้แก่ คางคกสีทอง ตุ๊กแกและอีกัวน่าของมาดากัสการ์ เช่นเดียวกับกบโผพิษหลายสายพันธุ์ โดยเฉพาะของโคลอมเบีย