มาเลเซียเป็นที่รู้จักในด้านความหลากหลายทางชีวภาพ มีพืชพันธุ์ไม้ดอกกว่า 15,000 ต้น อย่างไรก็ตาม พืชและสัตว์ในประเทศอยู่ภายใต้การคุกคามอย่างรุนแรง และประสบกับการเติบโตดั้งเดิมที่ลดลง 70% ตามรายการแดงของสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) มาเลเซียมีพืชที่ใกล้สูญพันธุ์ 686 ชนิดในปี 2550 กฎหมายของมาเลเซียปกป้องนก สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและแมลง พืชและสัตว์จะได้รับการคุ้มครองก็ต่อเมื่อพวกมันเติบโตในอุทยานแห่งชาติหรือเขตสงวน
ป่าประเภทหลักในมาเลเซีย ได้แก่ ป่า Giam Kanching หรือป่าเต็งรังที่หายาก ป่าชายเลน ป่าพรุ และป่าชายเลนบนภูเขา ตามรายงานของกองทุนสัตว์ป่าโลกสากล ต้น Dipterocarp ขึ้นชื่อเรื่องผลที่มีเมล็ดสองปีก เติบโตบนบกที่อยู่เหนือระดับน้ำทะเลถึงระดับความสูงประมาณ 900 เมตร ป่าเต็งรังที่ราบลุ่มซึ่งอยู่สูงจากระดับน้ำทะเล 300 เมตร ถูกทำลายล้างเนื่องจากการเกษตรและกิจกรรมอื่นๆ ที่ใช้พื้นที่มาก ในขณะที่ป่าเต็งรังได้รับการคุ้มครองในป่าสงวน Kanching สายพันธุ์นี้ถือว่าใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง - ใกล้จะสูญพันธุ์ - ในบัญชีแดง
พืชเขตร้อนที่กินเนื้อเป็นอาหารนี้เติบโตเฉพาะในป่าที่มีตะไคร่น้ำที่ระดับความสูง 2,000 ถึง 2,600 เมตรบน Mount Trus Madi ในเกาะบอร์เนียว Nepenthes macrophylla มีใบรูปเหยือกที่ห้อยลงมาจากเถาวัลย์ยาวสิบเมตร แมลงเลื่อนจากยอดข้าวเหนียวของดอกไม้ไปสู่แอ่งกรดที่ต่อมใต้ดอกหลั่งออกมา ตามรายงานของ ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation รายชื่อแดงของ IUCN ได้จัดหมวดหมู่ Nepenthes macrophylla ว่าใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง
Taxitheliella richardsii เป็นตะไคร่น้ำในตระกูล Sematophyllaceae และอยู่ในมาเลเซีย พื้นที่เดียวที่รู้จัก (น้อยกว่า 10 กม.²) ซึ่งพบตะไคร่น้ำอยู่ในซาราวัก รัฐมาเลเซียทางตะวันตกเฉียงเหนือของเกาะบอร์เนียว Taxitheliella richardsii เติบโตบนเถาไม้และท่อนซุงที่เน่าเปื่อยในป่ากึ่งเขตร้อนซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยที่หายไปเนื่องจากการเก็บเกี่ยวและการตัดไม้