ฟิลิปปินส์เป็นประเทศที่อุดมไปด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและถิ่นที่อยู่ โดยมีทรัพยากรธรรมชาติมากมายที่เอื้อต่อเศรษฐกิจและชุมชนท้องถิ่น ชายฝั่งทะเลและแหล่งที่อยู่อาศัยชายฝั่งมีความสำคัญเป็นพิเศษ โดยการทำประมง เกษตรกรรม และอุตสาหกรรมทั้งหมดต้องพึ่งพาทางน้ำของประเทศและสิ่งแวดล้อมทางทะเล ภัยคุกคามต่อถิ่นที่อยู่และการสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพมาจากการปฏิบัติที่หลากหลาย รวมถึงการเคลียร์ที่ดิน การประมงที่ไม่ยั่งยืน และมลพิษ
การสูญเสียพื้นที่ป่า
ระหว่างปี 2543 ถึง 2548 ฟิลิปปินส์สูญเสียพื้นที่ป่าเพียงร้อยละสองต่อปี นี่เป็นอัตราที่สูงเป็นอันดับสองในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ในปี 2548 คิดว่าป่าปฐมภูมิเหลือเพียงสามเปอร์เซ็นต์เท่านั้น การตัดไม้ทำลายป่าอย่างรวดเร็วส่งผลให้เกิดภัยคุกคามต่อระบบนิเวศต่างๆ รวมถึงการสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพ การพังทลายของดิน น้ำท่วม ดินถล่ม และคุณภาพน้ำที่ลดลง ป่าไม้อยู่ภายใต้การคุกคามจากการทำเหมืองเชิงพาณิชย์และการตัดไม้
ความเสื่อมโทรมของแนวปะการัง
ฟิลิปปินส์เป็นศูนย์กลางระดับโลกสำหรับความหลากหลายทางชีวภาพชายฝั่งทะเล การรวบรวมและส่งออกปะการังและปลาในแนวปะการังอย่างผิดกฎหมายส่งผลเสียอย่างมีนัยสำคัญต่อความหลากหลายทางชีวภาพ สภาพแนวปะการัง หญ้าทะเลปกคลุม และจำนวนปลา มีเพียงร้อยละ 5 ของแนวปะการังเท่านั้นที่ยังคงมีปะการังมีชีวิตมากกว่า 75 เปอร์เซ็นต์ การทำประมงแบบทำลายล้าง ได้แก่ การตกปลามากเกินไป การตกปลาด้วยอวนลาก การตกปลาด้วยระเบิด และการตกปลาด้วยไซยาไนด์ ที่ซึ่งไซยาไนด์ละลายในน้ำและไหลลงสู่แนวปะการัง ในขณะที่ภัยคุกคามอื่นๆ มาจากมลภาวะและ การกัดเซาะ
ภัยคุกคามต่อป่าชายเลน
ภัยคุกคามต่อป่าชายเลนรวมถึงการเก็บเกี่ยวมากเกินไป มลพิษ และการกวาดล้างที่ดินเพื่อการเกษตรและการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ การเลี้ยงกุ้งส่งผลให้เกิดความเสียหายต่อพื้นที่ที่แทบจะเปลี่ยนกลับไม่ได้และมีค่าใช้จ่ายทางเศรษฐกิจ ซึ่งน่าเป็นห่วงมากกว่าเพราะฟาร์มกุ้งไม่ทำกำไรหลังจากผ่านไปเพียงสามถึงห้าปี การทำลายป่าชายเลนยังเชื่อมโยงกับความเสื่อมโทรมของแนวปะการัง เนื่องจากแนวปะการังปกป้องป่าชายเลนจากคลื่นแรงและกระแสน้ำที่ชะล้างตะกอนละเอียดที่ต้นโกงกางเติบโต
การสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพ
ฟิลิปปินส์ถือเป็นประเทศที่มีความหลากหลายทางชีวภาพ มีพืชและสัตว์ที่มีเอกลักษณ์มากมาย อันที่จริง สัตว์มีกระดูกสันหลังเกือบครึ่งบนบกและพืชที่มีหลอดเลือดมากถึง 60 เปอร์เซ็นต์นั้นมีลักษณะเฉพาะในประเทศ อัตราการสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพสะท้อนให้เห็นในการค้นพบที่น่าตกใจบางอย่าง ในปี 2549 มีเพียง 20 เปอร์เซ็นต์ของสัตว์มีกระดูกสันหลังที่ได้รับการจัดอันดับว่าถูกคุกคามโดย International Union for Conservation of Nature นกประมาณ 127 สายพันธุ์ถูกพิจารณาว่าถูกคุกคาม และนกกระตั้วฟิลิปปินส์พื้นเมืองซึ่งครั้งหนึ่งเคยแพร่ระบาด ตอนนี้กำลังใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง