เชื้อโรคเป็นจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคในโฮสต์ของพวกมัน แม้ว่าพืชมักจะกลัวเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคในดินมากกว่าโรคที่เกิดจากแบคทีเรียในดิน แต่แบคทีเรียก่อโรคหลายชนิดที่อาศัยอยู่ในดินก็ทำให้เกิดโรคในพืชเช่นกัน มีเชื้อโรคพืชในดินจำนวนมากเกินไปที่จะแสดงรายการทั้งหมด แต่ต่อไปนี้คือบางส่วนที่สำคัญที่สุดหรือที่พบบ่อยที่สุด แบคทีเรียบางชนิดในดินสามารถพิสูจน์ได้ว่าเป็นอันตรายหรือถึงตายได้ต่อมนุษย์เช่นกัน
คลอสทริเดียม โบทูลินัม
ค. โบทูลินัมเป็นแบคทีเรียแกรมบวก (เช่น แบคทีเรียที่ทดสอบผลบวกในการทดสอบการย้อมสีแกรม) ซึ่งสร้างสปอร์ที่ทนทานและทนทาน เมื่อสปอร์พบสภาพที่เหมาะสม พวกมันจะงอกและเริ่มเติบโต พวกมันสามารถผลิตโปรตีนอันตรายที่เรียกว่า โบทูลินัม ทอกซิน ซึ่งทำหน้าที่เกี่ยวกับระบบประสาทในมนุษย์และสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ เพื่อป้องกันการปล่อยสารสื่อประสาทที่สำคัญที่เรียกว่า ค. สปอร์ของโบทูลินัมพบได้ในดินและน้ำในหลายภูมิภาคทั่วโลก พวกมันเป็นแบบไม่ใช้ออกซิเจนและเติบโตได้ก็ต่อเมื่อไม่มีออกซิเจน สภาพที่เป็นกรดยับยั้งการเจริญเติบโต แม้ว่าซี โบทูลินั่มบางครั้งทำให้เกิดการเจ็บป่วยที่เกิดจากอาหารซึ่งเรียกว่าโรคโบทูลิซึมซึ่งเป็นพิษร้ายแรงที่ผลิตโดย แบคทีเรียยังมีประโยชน์ในการทำให้เนื้อเยื่อของกล้ามเนื้อเป็นอัมพาตในมนุษย์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการแพทย์หรือเครื่องสำอางต่างๆ ขั้นตอน เมื่อใช้เป็นยารักษาโรค โบทูลินั่มทอกซินเป็นที่รู้จักในชื่อทางการค้าว่าโบท็อกซ์
Erwinia carotovora
อี carotovora เป็นเชื้อก่อโรคที่ทำลายล้างสูงซึ่งทำให้เกิดโรคในพืชหลายชนิด รวมทั้งมันฝรั่งและผักเนื้ออื่นๆ ส่วนใหญ่ แบคทีเรียที่มีรูปร่างเป็นแกรมลบนี้สามารถบุกรุกพืชผลในทุ่งหรือในขณะที่อยู่ในการจัดเก็บ ชนิดย่อย E. carotovora carotovora ดำรงอยู่ได้ดีในดินและน้ำผิวดิน มันสามารถเติบโตได้ในโซนรากของพืชอื่น ๆ ที่ไม่ใช่โฮสต์หรือแม้แต่วัชพืช บุกรุกมันฝรั่งหรือพืชที่อ่อนแออื่น ๆ เมื่อมีโอกาส โรคมันฝรั่งทั่วไปที่เกิดจากเชื้อ E. carotovora ได้แก่ blackleg เน่าก้านอากาศและเน่าอ่อนหัว
หิดสเตรปโตไมซิส
หิดสเตรปโตมัยซิสเป็นแบคทีเรียแกรมบวกที่ร่วมกับสเตรปโตมัยซิสอีก 2 สปีชีส์ (S. acidiscabies และ S. turgidiscabies) สามารถแพร่เชื้อในมันฝรั่งและพืชรากอื่นๆ เช่น หัวบีท หัวไชเท้า หัวผักกาด แครอท และพาร์สนิป เป็นเรื่องปกติที่เมื่อมันโตขึ้น เซลล์จะก่อตัวเป็นเส้นใยคล้ายกับที่เกิดจากเชื้อรา แม้ว่าจะมีขนาดเล็กกว่ามาก เส้นใยของเอส หิดสามารถแตกออกเป็นสปอร์ได้ แบคทีเรียแพร่กระจายโดยการบุกรุกเนื้อเยื่ออ่อนที่สดใหม่และเข้าสู่เนื้อเยื่อที่เก่ากว่าโดยทางบาดแผลหรือช่องเปิดตามธรรมชาติ
แซนโทโมนาส
Xanthomonas เป็นสกุลที่มีเชื้อโรคพืชที่สำคัญมากมาย แม้ว่าพวกมันจะอยู่ได้ไม่นานในดิน แต่บางชนิดสามารถอยู่รอดได้ในดินตลอดฤดูหนาวและแพร่ระบาดในพืชผลใหม่ในฤดูใบไม้ผลิ เช่นเดียวกับโปรตีโอแบคทีเรียอื่นๆ พวกมันเป็นแกรมลบ สายพันธุ์ X. campestris ทำให้เกิดโรคเน่าดำในพืชหลากหลายชนิดและอาจเป็นสมาชิกที่สำคัญที่สุดของสกุล น่าแปลกที่แบคทีเรียชนิดเดียวกันนี้ปลูกในเชิงพาณิชย์เพื่อผลิตแซนแทนกัม ซึ่งเป็นสารปรุงแต่งอาหารทั่วไป