I gelelektrofores separeras prover av DNA eller proteiner - vanligtvis baserat på storlek - genom att applicera ett elektriskt fält som får dem att migrera genom en gel. Användningen av gelelektrofores är rutin i biomedicinska forskningslaboratorier och används för att svara på en mängd olika frågor, så det finns inte riktigt ett universellt sätt att analysera resultaten.
Olika tekniker som Western blotting, Northern blotting och Southern blotting, till exempel, involverar alla gelelektrofores.
Om du gör det agarosgel elektrofores av DNA-prover, den vanligaste typen av procedur, du behöver vanligtvis göra minst två saker: 1) urskilja oklippt plasmider från insatser, nickade plasmider och skurna plasmider och, 2) uppskatta storleken på de olika DNA-fragmenten med en standardkurva Excel eller kalkylator.
Kontrollera din anteckningsbok för att avgöra vilka prover som har laddats i vilka banor. När du laddade brunnarna för din gel borde du ha noterat identiteten för varje körfält / prov.
Använd en linjal för att mäta avståndet på din bild från brunnarna till spårfärgen, vilket kommer att göra det har rest längre än något av DNA - banden (med andra ord kommer det att vara längst ner på gel). Spela in detta nummer - enheterna du använder är inte viktiga.
Mät avståndet på din bild från brunnarna till vart och ett av banden i "stegen", dividera sedan avståndet med det avstånd som reste spårfärg band. Denna beräkning ger dig den relativa rörligheten för varje band.
Exempel: Antag att spårningsfärgbandet reste 6 tum och vi har tre band som reste 5, 4,5 och 3,5 tum.
Vad är deras relativa rörlighet? Svar: Vi delar 5, 4.5 och 3.5 med 6 för att erhålla relativa mobiliteter på 0,833, 0,75 och 0,5833.
Tillverkaren ger dig storleken på varje fragment i stegen de levererar, så du borde redan ha denna information.
Använd Trendline-funktionen i ditt kalkylprogram för att passa en ekvation till data. Denna ekvation bör vara en effektekvation (t.ex. x ^ -2) och bör passa data relativt bra (R-koefficient på minst 0,9). Detta skapar en kurva och en standardkurva Excel.
Kom ihåg att mindre DNA-fragment färdas längre genom gelén än stora DNA-fragment, så de som är närmast spårfärgen blir de minsta. Observera dock att om plasmid (cirkulär) DNA är oklippt, det kommer att bli "supercoiled" eller vridet som en telefonsladd, vilket faktiskt kommer att få det att resa längre än linjärt DNA av samma storlek.
På samma sätt kommer en "nickad" plasmid som har skurits ofullständigt ut kortare avstånd än linjärt DNA av samma storlek. Följaktligen kan du inte uppskatta storleken på outskurna plasmider från din gel.
Matcha banden i varje körfält med identiteten på provet du laddade i den banan och avgöra om det du ser är vad du hade förväntat dig. Detta beror på arten av ditt experiment.
I allmänhet, men om du smälter en insättningsplasmid med två restriktionsenzymer, skulle du förvänta dig att insatsen skulle frigöras från plasmiden.
Eftersom den är mycket mindre än plasmiden, kan du förvänta dig att se två band i den banan, en nära toppen och den andra ner nära botten. En plasmidsnitt med endast ett restriktionsenzym bör endast bilda ett enda band som färdas lite längre än plasmidsnittet med två restriktionsenzymer, men ingenstans så långt som insatsen.
Mät avståndet från brunnarna till den avskurna plasmiden och sätt in band med din linjal. Dela dessa siffror med det avstånd som spårningsfärgen har rest för att hitta relativ rörlighet för skär och skurna plasmider.