Fördelar och nackdelar med Western Blot

Western blot, en analytisk teknik som används för att identifiera ett specifikt protein i ett givet prov, använder förmågan hos ett enzym eller fluorescensmärkt primär antikropp att binda till dess specifika antigen. Det är en trestegsprocess som börjar med gelelektrofores, följt av membranblotting och sondering med antikroppar. Proteindetektion kan vara direkt eller indirekt, varvid den senare använder en märkt sekundär antikropp riktad mot den primära. Även om det accepteras som en rutinmässig proteinanalysteknik har Western blot begränsningar och fördelar.

Ett av de största argumenten för Western blot är dess känslighet. På grund av dess förmåga att upptäcka så lite som 0,1 nanogram protein i ett prov kan tekniken teoretiskt fungera som ett effektivt tidigt diagnostiskt verktyg som känner av även det minsta immunogena svaret från ett virus eller bakterier hos en patient prov. En indirekt western blot bygger vidare på denna känslighet från den sekundära antikroppens förmåga att förstärka intensiteten hos signalen som detekteras av bildsystemet. Ökad känslighet innebär att färre antikroppar behövs för testning, vilket minskar laboratoriekostnaderna avsevärt.

Western blot-tekniken beror på dess specificitet två stora bidragande faktorer. Först sorterar gelelektrofores ett prov i proteiner av olika storlek, laddning och konformation. Denna process i sig är ett stort steg mot detektering, eftersom band som bildats i gelén redan ger ledtrådar om storleken på proteinet eller polypeptiden av intresse. Specificiteten för interaktionen mellan antikropp och antigen fungerar som den andra stora faktorn. Eftersom specifika antikroppar visar affinitet för specifika proteiner kan processen selektivt detektera ett målprotein även i en blandning av 300 000 olika proteiner.

Trots sin känslighet och specificitet kan en Western blot fortfarande ge felaktiga resultat. Ett falskt positivt resultat när en antikropp reagerar med ett icke-avsett protein, vilket är det som ofta händer när en patient som testas för HIV råkar ha tuberkulos eller ett antal parasiter infektioner. Ett falskt negativt kan å andra sidan lätt uppstå om större proteiner inte ges tillräckligt med tid för att överföra ordentligt till membranet. Felaktig blotting och bearbetning ger ofta skeva, bleka eller till och med flera band, vilket gör testresultaten föremål för teknikerens tolkning.

Kostnaden för en Western blot är en sammansättning av de stora individuella utgifterna för märkta antikroppar, skickliga analytiker och laboratorieutrustning. En känslig process, western blotting kräver precision i varje steg för korrekt identifiering av provets beståndsdelar. Ett mindre fel i reagenskoncentrationen eller under inkubationsperioden kan vara katastrofalt för hela processen. Slutligen kan den utrustning som krävs för detektering och avbildning - kemiluminescerande, fluorescerande, radioaktiva eller laserdetekteringssystem - vara för dyr för den genomsnittliga mikrobiologiska enheten.