Ett fylogenetiskt träd är en grafisk representation av evolutionära förhållanden som visar hur organismer eventuellt kunde ha avvikit från en gemensam förfader. Tidigare gjordes detta genom jämförelse av levande organismer och fossilers anatomi och fysiologi, men nu används ofta genetisk information från DNA-nukleotidsekvenser. Organismer med få likheter kan hittas på de separata "grenarna" i ett fylogenetiskt träd och de med specifika gemensamma egenskaper skulle ligga på "kvistar" i samma gren. Ett fylogenetiskt träd är en metod för att förstå arter och evolutionära förändringar i organismer.
Välj en modellorganism för jämförelse av förhållandet. Detta kan göras med en art, ras eller nukleotidsekvens som representerar en organism. Ett exempel på organism kan vara en ko. Resten av trädet skulle visa hur nära besläktad en ko är med andra organismer baserat på genetiska egenskaper.
Välj en utgrupp. En utgrupp är en mindre nära besläktad organism eller väldigt annorlunda nukleotidsekvens. Om modellorganismen är en ko, skulle en möjlig utgrupp vara en fisk. Ju mer olika organismer är, desto längre ner på fylogenetiskt träd kommer deras divergerande grenpunkt. Tiden representeras med det äldsta datumet längst ner i diagrammet och dagens är högst upp i diagrammet. Grenarnas placering visar ungefär när ett evolutionärt drag möjligen förändrade en förfäders organism till olika arter.
Bestäm en uppsättning egenskaper som ska användas för jämförelse. Exempel är "har fyra ben", "tuggar cud", "ger levande födelse" eller "växer hår." Nukleotidsekvenser är bara alfabetiska representationer av DNA som bestämmer egenskaper, så ett annat alternativ skulle vara: "innehåller sekvensen ATGGACACGGA. "
Dela organismer baserat på egenskaperna. När en organism inte innehåller önskat drag, görs en gren i fylogenetiskt träd. För det karakteristiska ”har fyra ben”, skulle kor, får och rådjur alla vara på en gren, medan fisk skulle vara på en separat gren. Klistra in bilden eller sekvensen av en ko i plakatbrädans övre hörn och fisken i det motsatta hörnet och rita två linjer från dem till papperets bas i en korsande V-form.
Fortsätt separera modellorganismerna eller nukleotidsekvenserna tills varje exempel har en enda separation från grenen till en kvist. Det karakteristiska ”har ull” skulle separera får från rådjur och kor till en enstaka gren. Placera fårbilden nära fiskens bild och rita en linje som ansluter i V-form ner till koens gren. Att använda karakteristiken ”har fluffig svans” skulle avgränsa ko från rådjur. Klistra in hjortbilden mellan ko och får och dra en ny linje i en V-form som skär varandra över fisk- och fårlinjerna. När varje art har en enda gren har det fylogenetiska trädet slutförts.