Det kanske viktigaste sättet att mögelsporer skiljer sig från bakteriella endosporer är att mögel klassificeras som så kallade högre svampar. Som sådan har de vad biologer kallar den eukaryota celltypen. Bakteriella endosporer å andra sidan bildas från bakterier som klassificeras som en prokaryot celltyp som grupp. Skillnaden mellan den prokaryota cellen och den eukaryota cellen är grundläggande i biologin. I de tydligaste termerna är bakteriecellen strukturellt mycket enklare.
Den eukaryota cellen - som i mögelsporer - är fylld med ett komplex av cellulära strukturer som kallas organeller. Organeller utför alla slags cellfunktioner och en av de mest iögonfallande organellerna är kärnan. Den eukaryota cellkärnan i mögelsporer innehåller DNA som gör att cellen kan fungera och reproducera. Detta står i kontrast till bakteriella endosporer där DNA är mer eller mindre fritt i cellens cytoplasma.
Förutom kärnan innehåller den eukaryota mögelsporcellen sådana organeller som endoplasmatisk retikulum eller ER. ER är i huvudsak som en labyrint av vikta membran där många biokemiska processer som är vitala för cellen utförs. I mögelsporer är ER ansluten till kärnhöljet, ett membran som omger cellkärnan. I bakteriella endosporer saknas detta arrangemang.
Bakteriella endosporer har praktiskt taget ingen av den nivå av cellulär sofistikering som finns i eukaryota mögelsporer. En annan skillnad mellan bakteriella endosporer och mögelsporer - förutom deras grundläggande skillnad i celltyp - är den roll de spelar i deras respektive organismers livshistorier. En bakteriell endospore är en resistent struktur som bildas i en bakteriecell. Till skillnad från mögelsporer är bakterieendosporen speciellt anpassad för att motstå ogynnsamma miljöförhållanden. En nyckelfunktion i bakteriella endosporer är en förening som kallas dipikolinsyra. Denna förening, även om den inte förekommer i mögelsporer, är avgörande för att förmedla bakterieendosporernas resistens mot ogynnsamma miljöförhållanden.
Det finns många andra skillnader mellan bakteriella endosporer och mögelsporer. De flesta av dem har återigen att göra med den grundläggande skillnaden mellan den eukaryota och den prokaryota cellen. Många andra organeller förutom de som redan beskrivits är närvarande i mögelsporen men frånvarande i den bakteriella endosporen. Dessa inkluderar en struktur som kallas Golgi-apparaten och andra som den så kallade nucleolus. Kärnkärnan är en struktur i eukaryotcellens kärna och är aktiv i proteinsyntes som är kritisk för cellfunktionen. Bakteriella endosporer utför många av samma livsviktiga funktioner som mögelsporer men de gör det utan fördelarna med sofistikerade organeller som finns i mögelsporen.