Jonbyte används ofta för vattenbehandling i både industriella och kommunala vattenbehandlingssystem. Processen ger många fördelar jämfört med andra behandlingsmetoder. Det är miljövänligt, kan ge högt flöde av behandlat vatten och har låga underhållskostnader. Tillsammans med dessa fördelar finns det vissa nackdelar associerade med jonbyte, såsom kalciumsulfatbegränsning, järn nedsmutsning, adsorption av organiskt material, organisk kontaminering från hartset, bakteriekontaminering och klor förorening.
Den vanligaste regeneranten (kemikalie som används för att ladda hartset) som används för katjonharts är svavelsyra. Vissa extremt hårda vatten innehåller stora mängder kalcium, och när detta kalcium reagerar med den regenererande svavelsyran bildar det kalciumsulfat som en fällning under regenereringsprocessen. Denna fällning kan foul hartspärlorna och blockera rören i kärlet.
Matningsvatten från de underjordiska vattenhålen har lösligt järn i form av järn. Små mängder av detta järn avlägsnas av jonbytare, men om detta matarvatten kommer i kontakt med luft före behandling omvandlas järnjonerna till järnjoner. Dessa järnjoner fälls ut som järnhydroxid efter reaktion med vatten. Denna förening kan täppa till hartspärlorna och påverka hartseffektiviteten. Detta kan till och med leda till att mjukgörarkolonnen misslyckas.
Fodervatten från sjöar och floder innehåller vanligtvis stora mängder upplöst organiskt material. Den gula eller bruna färgen på detta matningsvatten beror på den sönderfallna vegetationen och annat organiskt material som finns i det. Dessa organiska substanser kan adsorberas permanent i hartspärlorna, vilket resulterar i minskad hartseffektivitet. Den behandlade vattenkvaliteten försämras alltså. Dessa organiska föroreningar kan avlägsnas före behandling med harts genom behandling av matarvattnet med alun för att fälla ut det organiska materialet.
Jonbytarhartset i sig kan ibland bli källan till organisk förorening. Det nya jonbytarhartset har ofta organiska element kvar i hartspärlorna efter tillverkning. Sådan kontaminering av hartset kan behandlas genom att leda det behandlade vattnet genom en anläggning för ultrafiltrering.
Jonbyteshartser avlägsnar inte mikroorganismer som bakterier från matningsvattnet utan hjälper ibland till bakterietillväxten. Hartsbäddarna kan ackumulera organiskt material som fungerar som en näringskälla för fortsatt bakterietillväxt. När sterilt vatten krävs efter behandlingen, bör det avmineraliserade vattnet som produceras av jonbytesanläggningen behandlas med värme, ultraviolett bestrålning eller mycket fin filtrering. Jonbytarhartsbäddar kan också behandlas med desinfektionsmedel såsom formaldehyd men inte med värme eller klor, eftersom de kommer att skada hartset.