Када је реч о мерењу дужине фрагмената ДНК, који су много мањи од ћелија, микробиолозима је потребан трик, а најповољнији је гел електрофореза. Ова метода се ослања на чињеницу да су фрагменти ДНК набијени и алтернатива је скупљим методе, попут рентгенске кристалографије, која је била одговорна за откривање структуре двоструке завојнице ДНК.
Како делује електрофореза у гелу
Пошто су молекули ДНК наелектрисани, на њих делује електрична струја. Када их поставите у неутрални гел и ставите струју преко гела, молекули мигрирају према позитивној електроди (аноди). Будући да молекули ДНК различитих величина носе исти набој, мањи путују брже, па овај процес раздваја молекуле у траке које се могу упоређивати са узорцима познатих величина.
Основни поступак електрофорезе
Гел се обично прави од агарозе, полисахарида који када се загрева у пуферском раствору формира получврсти, благо порозни гел. На једном крају, гел формира сићушна удубљења која се зову бунари, где истраживач поставља узорке ДНК који се проучавају, заједно са референтним узорцима познате дужине, названим ДНК лествица. Дужине фрагмената мердевина унапред су одређене другом методом, попут рентгенске кристалографије.
Када је гел уроњен у проводни раствор и примењен напон, фрагменти почињу да мигрирају кроз гел - прво мањи и већи, спорији иза. Они се на крају формирају у опсеге сличне спектру према величини.
Једном када се то догоди, истраживач искључује напајање, улива гел у боју која веже ДВА и испитује узорке под ултраљубичастом светлошћу. Користећи мердевине као референцу, истраживач може да одреди величину сваког од фрагмената у видљивој траци. Видљиве су само траке - појединачни фрагменти ДНК су премали да би се видели.
Утврђивање дужина непознатих фрагмената
Шансе нису да се свака трака у узорку удружи са траком на лествици, па да би утврдили величину ових непознатих фрагмената, научници обично цртају графикон. На к оси је растојање које је свака трака у лествици прешла у милиметрима, док је на и оси величина сваког појаса. Када су тачке повезане кривином, величина било ког појаса може се екстраполовати из криве након мерења пређеног пута у милиметрима.