Електрофореза у гелу је метода која се користи у лабораторијама за мерење и сортирање ланаца ДНК. Неопходно је јер је ДНК у нормалним условима премала за манипулацију, чак и када се посматра помоћу већине микроскопа. Лабораторија за електрофорезу у гелу користи релативно једноставан поступак, а иста основна техника може се користити и за одвајање појединих протеина.
Матрица гела
Да бисте започели поступак електрофорезе у гелу, прво морате створити гел. Типично, гелови се праве у танким листовима користећи супстанцу која се назива агароза. Агароза у праху се стави у тиквицу, а затим раствор слане воде зван пуфер. Ова смеша агарозе и пуфера се загрева док се две супстанце не истопе, а затим сипа у калуп за обликовање. Затим се уређај који се назива чешаљ поставља на један крај калупа пре него што се гел охлади. Када се гел охлади, чешаљ се уклања, остављајући мале уторе који ће се користити за држање узорака ДНК.
Посебна карактеристика охлађене смеше агарозе (која се назива гел матрица) потиче из чињенице да је створена са сланом водом. Када се наелектрише, матрица ће постати проводљива, омогућавајући струји да тече дуж њезине дужине. Још једна посебна особина матрице гела је присуство правилних, микроскопских рупа. Ове рупе ће омогућити ланцима ДНК да путују кроз матрицу гела и олакшаће процес сортирања.
Комора за електрофорезу
Следећи корак је стварање коморе за електрофорезу. Ово је мала правоугаона кутија, ожичена позитивном и негативном електричном везом на оба краја. Коморе су обично плитке, довољно мале да стану на сто и грађене су од прозирних материјала попут плексигласа.
Раствор слане воде се сипа на дно коморе за електрофорезу, а матрица гела је мало уроњена у овај раствор. Слана вода служи у две сврхе: потицање протока електричне енергије и одржавање влажне матрице гела. Будући да се ДНК покреће негативним наелектрисањем, поставите матрицу тако да се узорци налазе поред ваше негативне електричне везе.
Припрема ДНК
Затим се припремају узорци ДНК. Пошто је ДНК у раствору готово немогуће видети, у сваки појединачни узорак додаје се средство за бојење које се назива пуфер за пуњење. Овај агенс такође згушњава ДНК раствор, чинећи га мање течним и употребљивијим. Помоћу пипете пренесите узорак раствора ДНК у сваки наизменични отвор у матрици гела. У празан отвор између сваког узорка ставите неки раствор ДНК чија дужина већ знате (назван ДНК стандард) за контролу и упоређивање експеримента.
Укључите напајање
Укључите своју комору за електрофорезу. Под негативном снагом, ваши узорци ДНК ће бити потиснути дуж дужине коморе. Мали ланци ДНК ће се брже кретати кроз матрицу гела и за кратко време ће се одвојити од дужих, споријих ланаца. Боја у средству за бојење омогућава вам да пратите траг ДНК. Нећете моћи да видите појединачне ланце ДНК, али ће се ланци исте дужине скупити.
Завршни кораци
Када се ДНК сортира, матрица се уклања из коморе за електрофорезу. Затим се ДНК обоји како би се омогућило лакше мерење и испитивање.