У електрофорези у гелу, узорци ДНК или протеина се одвајају - обично на основу величине - применом електричног поља које доводи до њихове миграције кроз гел. Употреба гел електрофорезе је рутина у лабораторијама за биомедицинска истраживања и користи се за одговарање на мноштво различитих питања, тако да заправо не постоји универзални начин за анализу резултата.
На пример, све различите технике попут Вестерн блоттинга, Нортхерн блоттинга и Соутхерн блоттинга укључују гел електрофореза.
Ако радите агарозни гел електрофореза узорака ДНК, најчешћа врста поступка, обично ћете требати урадити најмање две ствари: 1) разликовати нерезане плазмиди из уметака, зарезаних и исечених плазмида и, 2) процењују величину различитих фрагмената ДНК стандардном кривом Екцел или калкулатор.
Проверите лабораторијску свеску да бисте утврдили који су узорци учитани у које траке. Када сте напунили јамице за ваш гел, требали сте да забележите идентитет сваке траке / узорка.
Помоћу лењира измерите растојање на слици од бунара до боје за праћење, што хоће су путовали даље од било ког опсега ДНК (другим речима, биће на дну гел). Снимите овај број - јединице које користите нису важне.
Измерите растојање на слици од бунара до сваког појаса у „лествици“, а затим поделите ту удаљеност са пређеном раздаљином праћење боје трака. Овај прорачун вам даје релативну покретљивост сваког опсега.
Пример: Претпоставимо да је трака боје за праћење прешла 6 инча, а ми имамо три траке која су прешла 5, 4,5 и 3,5 инча.
Каква је њихова релативна покретљивост? Одговор: Поделимо 5, 4,5 и 3,5 са 6 да бисмо добили релативне покретљивости од 0,833, 0,75 и 0,5833.
Произвођач вам даје величину сваког фрагмента на мердевинама које они испоручују, тако да бисте требали већ имати ове информације.
Користите функцију Трендлине у програму за прорачунске таблице да прилагодите једначину подацима. Ова једначина би требало да буде једначина снаге (нпр. Кс ^ -2) и требало би да се релативно добро уклопи у податке (Р-коефицијент од најмање 0,9). Ово ствара криву и стандардну криву Екцел.
Имајте на уму да мањи фрагменти ДНК путују даље кроз гел од великих фрагмената ДНК, тако да ће они најближи боји за праћење бити најмањи. Међутим, имајте на уму да ако плазмид (кружна) ДНК није исечена, постаће „супер намотана“ или увијена попут телефонског кабла, што ће заправо довести до њеног путовања даље него линеарна ДНК исте величине.
Исто тако, „зарезани“ плазмид који је непотпуно пресечен путоваће а краћи удаљеност од линеарне ДНК исте величине. Због тога не можете да процените величину нерезаних плазмида из вашег гела.
Упарите опсеге у свакој траци са идентитетом узорка који сте учитали у тој траци и утврдите да ли је оно што видите оно што бисте очекивали. Ово ће зависити од природе вашег експеримента.
Генерално, међутим, ако сте дигестирали инсертни плазмид са два рестрикциона ензима, очекивали бисте да ће се уметак ослободити плазмида.
Будући да је много мањи од плазмида, очекивали бисте да у тој траци видите две траке, једну при врху, а другу доле при дну. Плазмид пресечен само једним рестрикционим ензимом треба да формира само једну траку која путује мало даље од плазмида пресечен са два рестрикциони ензими, али ни близу толико колико уметак.
Измерите удаљеност од бунара до исеченог плазмида и уметните траке својим лењиром. Поделите ове бројеве са раздаљином коју пређе боја за праћење да бисте пронашли релативну покретљивост уметака и исечених плазмида.
