Микроскоп се користи у разним научним областима у многе различите сврхе. Било да се ради о форензици или традиционалној медицинској науци, микроскоп је неопходан инструмент.
Анализа ткива
Уобичајено је да хистолози проучавају ћелије и ткива помоћу микроскопа. На пример, ако се део ткива узме на анализу, хистолози могу да користе микроскоп у комбинацији са другим алатима да утврде да ли је узорак канцероген.
Испитивање форензичких доказа
Докази прикупљени на месту злочина могу садржати информације које нису видљиве голим оком. На пример, пруге у мецима могу се испитати под микроскопом да би се утврдило да ли се подударају са мецима испаљеним из одређеног пиштоља.
Утврђивање здравља екосистема
Уобичајено је да теренски биолози надгледају здравље одређеног екосистема, попут потока, коришћењем микроскопа за идентификацију броја и разноликости организама у одређеном региону време.
Проучавање улоге протеина у ћелији
Научници из истраживања сматрају да су микроскопи непроцењив алат када проучавају функцију протеина у ћелијама. Са данашњом технологијом, многи протеини могу бити обележени ознаком и проучавани у живим ћелијама.
Проучавање атомских структура
Моћни микроскопи попут микроскопа са атомском силом помогли су научницима у проучавању површина појединих атома.