У 19. веку, таксономија - класификација живих организама - била је све време у биологији. И природњаци аматери и професионалци били су толико уперени у лудост сакупљања и идентификовања бића, да су ретке бубе биле врућа роба. У то време се мало знало о микроорганизмима и њиховом месту у свету живих бића, а класификација микробиологије није добијала толико пажње. Током деценија које су уследиле забележен је драматичан пораст знања о микробима и методама идентификовање микроорганизама, при чему се део тог повећања показује ефикасном класификацијом микроорганизми.
Компоненте таксономије
Таксономија има три компоненте: номенклатура, класификација и идентификација. Номенклатура једноставно додељује име врсти. Класификација групише врсте према заједничким карактеристикама - од којих су неке физичке, а неке биохемијске. Идентификација користи особине организма да би се утврдило где му је место у класификационој шеми. Модерна таксономска шема има највећу, најобухватнију групу, домене. Најмања група је врста. Од најобухватнијег до најспецифичнијег, нивои се одвијају тако: домен, краљевство, род, класа, поредак, породица, род и врста. Ви сте, на пример, примат Еукариа Анималиа Цхордата Маммалиа Хоминидае Хомо сапиенс.
Микроорганизми и домени
Микроорганизми су изузетно разнолики. Нису дефинисани неком посебном врстом структуре или функције, већ једноставно њиховом величином. Микроорганизми су толико рониоци да спадају у сва три различита класификација највишег нивоа - сва три домена. Један домен су бактерије, други су археје, а коначни еукарија. Сви чланови домена бактерија и археја су једноћелијски микроорганизми. Обе су ћелије без мембрана које одвајају свој генетски материјал од остатка ћелије - мембране које дефинишу језгро. Дакле, сва царства, типови, класе, редови, породице, родови и врсте унутар домена бактерија и археја су микроорганизми.
Једноћелијски протисти
Еукарије су организми чије ћелије садрже језгро. Многи еукариотски организми су једноћелијски микроорганизми, али многи други - као што су дрвеће секвоје или ви - нисте. Стога су неопходне додатне класификације. Царство Протиста у домену Еукариа састоји се од само једноћелијских микроорганизама. Протисти су подељени у три различите групе врста: четири различите врсте алги, четири различите врсте протозоа и две различите врсте плесни. Али сви организми унутар ове врсте - сви унутар краљевства Протиста - су микроорганизми.
Микроскопске гљиве
Царство гљива налази се у домену Еукариа. Неке врсте гљива садрже микроорганизме. На пример, врста Зигомицота садржи микроскопске калупе за хлеб, а врста Асцомицота садржи квасце и штеточине и паразите у усевима микроба. Лишајеви су симбиотски склоп гљиве и фотосинтетског организма - који се делимично налазе у царству Гљиве, а делом у другим царствима или чак у другим доменима.
