Према веб локацији БиоВеб Универзитета у Висконсину, ПЦР прајмер је кратки синтетички олигонуклеотид (обично између 18 до 25 база) који се користе за појачавање одређених региона ДНК у техници молекуларне биологије познате као ланчана реакција полимеразе (ПЦР). Потребни су и прајмер и реверзни прајмер, дизајнирани да буду реверзни комплементи ланца ДНК, да би се фланкирали и везали за жељени ДНК регион. Када научници желе да изврше истраживање одређеног гена или региона ДНК, прво треба да изврше ПЦР да би стекли довољно циљног региона за рад. Дизајнирање секвенци прајмера за регион од интереса може бити потребно ако већ нису доступни путем претходно објављених истраживања или комерцијалним средствима.
Набавите нуклеотидну секвенцу гена или ДНК региона од интереса и одлучите колико дуго желите да појачате фрагмент. Прајмер и реверз прајмер су дизајнирани да се вежу на почетку и на крају жељеног фрагмента. Типично, конвенционалне ПЦР методе користе прајмере који бокују регион између 100 до 1.000 базних парова, док ПЦР методе у реалном времену користе фрагменте дуге око 50 до 200 базних парова.
Одлучите где у низу желите да леже прајмери. На пример, можда ћете желети локацију близу краја 5 'или 3' низа или у средини. Ако желите, одредите место прајмера који ће се протезати на интрону.
Дизајнирајте темељне премазе дужине од 18 до 24 базе. Винцент Р. Презиосо, Пх.Д., из Бринкманн Инструментс Инц., сугерише да је ова дужина довољно дуга да буде изузетно специфична за жељени ДНК регион, али довољно кратка да се лако веже (жали). Температура топљења прајмера (Тм) треба да буде између 55 и 80 степени Целзијуса, довољно ниска да омогући потпуно топљење на и изнад 90 степени Целзијуса, али довољно висока да омогући жарење. Садржај ГЦ (проценат Гс и Цс у низу) треба да буде између 40 и 60 процената. 3 'крај секвенце прајмера треба да се завршава са Ц или Г (назива се ГЦ стезаљка) ради унапређења везивања, јер Г и Ц нуклеотиди имају јаче везе, међутим, избегавајте да имате три или више Г или Ц у последњих пет основа секвенце.
Избегавајте понављања четири или више једне базе (попут АЦЦЦЦ ...) или четири или више ди-нуклеотидних понављања (попут АТАТАТАТ ...), јер они могу проузроковати погрешно одређивање. Дизајнирајте почетне премазе без хомологије унутар прајмера (више од три базе које се допуњују у оквиру једне сам прајмер) или хомологија међу прајмерима (где се прајмер и реверз прајмер допуњују секвенце). То може проузроковати самодимере или пример-димере, где се прајмери везују за себе уместо да се везују за жељену секвенцу ДНК.
Користите мрежне ресурсе и веб локације који помажу у дизајнирању прајмера или помажу у провери секвенци прајмера да ли се сами допуњују или могу да направе секундарне структуре попут укосница. Неке веб странице за дизајн прајмера укључују Пример3 Массацхусеттс Институте оф Тецхнологи, Пример-Бласт Националног центра за биотехнолошке информације и ОлигоАнализер интегрисаних ДНК технологија.