Бактерије и други микроби су често повезани са болестима, али имају важну улогу у процесу рециклаже отпада. Они су одговорни за биоразградњу органских материјала и рециклажу хранљивих састојака у природном окружењу. Поред ове основне улоге, микроби су такође неопходни за фазе ферментације рециклаже отпада, биоразградња нафте у морским екосистемима, корисна у пречишћавању отпадних вода и у производњи алтернативна енергија.
Природна биоразградња
Микроорганизми рециклирају хранљиве састојке у животној средини, разлажући органске материјале. Органски материјали, попут лешева животиња и стабала дрвећа, пропадају дејством микроба који се распадају, а који су такође одговорни за уклањање индустријског и кућног отпада. Кроз процес који се назива биоразградња, микроби користе хранљиве и хемијске супстанце које се налазе у животној средини за сопствени опстанак. Хранљиве материје из распадања ових производа се у окружењу могу слободно хранити биљкама или алгама, које заузврат хране све животиње.
Ферментација
Људи су од давнина користили бактерије, квасце и друге микробе за производњу многих врста хране и пића. Хлеб је резултат микробиолошке ферментације шећера да би се добио угљен-диоксид који се ослобађа у тесту и хлеб се диже. Микроби су такође основни у производњи пива и вина, претварајући шећере у алкохол. Ферментација микроба је такође корак током хемијског процеса рециклаже отпада. Аспергиллус царбонариус је микроорганизам који се користи за биоразградњу хромових струготина, које су део отпада од коже.
Биоразградња нафте
Микроби који троше угљоводонике, попут Алцаниворак боркуменсис, користе се за чишћење изливања нафте, посебно у дубоким водама. Према чланку објављеном у часопису „Сциентифиц Америцан“, микроби су једини процес који разграђује уље дубље у води, док се на површину могу применити физички процеси попут испаравања или таласа воде. Бактерије разграђују прстенасте структуре угљоводоника у уљу помоћу ензима и кисеоника садржаних у морској води. Бактерије које троше уље природно се јављају у свим океанима света, од Арктика до Антарктика.
Производња енергије
Када разграђују пиварски отпад и друге органске материјале, микроби могу произвести гас метан, главну компоненту природног гаса. Од фебруара 2011. научници са Универзитета Цорнелл, НИ, такође истражују употребу микробних заједница за производњу течних биогорива, извештава Сциенце Даили. Анаеробни микроорганизми, који живе у срединама у којима недостаје кисеоник, такође могу претворити мешавину стајњака и енергетских усева, као што су:
- шећерна трска
- кукуруз
- у електричну енергију