Класификација сваког организма који живи на планети важан је, али невероватно тежак задатак биолога. Због широког спектра врста живих организама, научници су створили неколико начина да идентификују сваког од њих. Кроз ове процесе може се створити организованији систем, боље именовање и тачније породично стабло.
Општа идентификација
Живи организми на планети сврстани су у шест царстава: животиње, биљке, архебактерије, еубактерије, гљиве и протисти. Свако царство има различите физичке и биолошке особине. Када почињемо да идентификујемо организам, сазнање којем краљевству припада служи као први корак ка даљем одређивању одређене врсте.
Животиње и биљке се лако препознају по физичким карактеристикама, али архебактерије и еубактерије није лако идентификовати ако се не прегледају под микроскопом. Неке гљиве изгледају попут биљака, али гљива не може сама да произведе храну. Протисти су, с друге стране, свако живо биће које не припада осталих пет царстава.
Дихотомни кључ
Дихотомни кључ је уобичајено средство које биолози и други природњаци користе за категоризацију непознатог организма. Овај „кључ“ је низ питања или изјава о одређеним карактеристикама организма. Једном када се одговори на питање, води се до другог питања. Кроз ову серију питања може се идентификовати непознати организам. Дихотомни кључеви углавном идентификују велике организме, попут биљака и животиња, јер се њихове карактеристике лако виде голим оком. Идентификовање мањих организама захтева научнији приступ.
Грам Стаининг
Бојење по Граму је најчешћи поступак који се користи за идентификацију бактеријског организма. Бактерије су изузетно мале величине, што значи да је једини начин да се идентификују помоћу микроскопа. Бојење по Граму је идеално за младе примерке бактерија јер се лакше боје него у потпуности развијене. Бојење по Граму делује тако што излаже ћелијски зид бактерија двема врстама мрља: љубичастој и црвеној. Бактерија са дебљим ћелијским зидовима позната је као грам позитивне бактерије јер задржава прву мрљу и не апсорбује другу, док грам негативна бактерија има тањи ћелијски зид и апсорбује обоје. Грам позитивне бактерије су љубичасте, док грам негативне бактерије су ружичасте.
Молекуларна биологија
Са порастом технологије, биолози су у стању да проучавају молекуларне структуре чак и најмањих живих организама, идентификујући сваки организам на емпиријскији и научнији начин. Молекуларни биолози проучавају ДНК бактерије и упоређују је са другом ДНК да би утврдили да ли постоје сличности. Будући да је ДНК „биолошки приручник“ живог организма и јединствен је за сваки тип организма, његово идентификовање може бити врло специфично и лако.