Можда је најважнији начин на који се споре плесни разликују од бактеријских ендоспора је тај што су плесни класификоване као такозване више гљиве. Као такви садрже оно што биолози називају еукариотским ћелијским типом. С друге стране, бактеријске ендоспоре настају од бактерија које су - као група - класификоване као прокариотске ћелије. Разлика између прокариотске ћелије и еукариотске ћелије је основна у биологији. Најједноставније речено, бактеријска ћелија је структурно много једноставнија.
Еукариотска ћелија - као она у спорама плесни - препуна је комплекса ћелијских структура названих органеле. Органеле врше све врсте ћелијских функција, а једна од најуочљивијих је језгро. Језгро еукариотске ћелије спора плесни садржи ДНК која омогућава ћелији да функционише и размножава се. Ово је за разлику од бактеријских ендоспора у којима је ДНК мање или више слободна у ћелијској цитоплазми.
Поред језгра, споре ћелије еукариотске плесни садрже органеле попут ендоплазматског ретикулума или ЕР. ЕР је у основи попут лавиринта пресавијених мембрана у коме се изводе многи биохемијски процеси витални за ћелију. У спорама плесни ЕР је повезан са нуклеарном овојницом, мембраном која окружује ћелијско језгро. У бактеријским ендоспорама овај аранжман недостаје.
Бактеријске ендоспоре практично немају ни један ниво ћелијске софистицираности присутан у еукариотским спорама плесни. Друга разлика између бактеријских ендоспора и спора плесни - поред њихове основне разлике у типу ћелија - је улога коју они играју у историји живота њихових организама. Бактеријска ендоспора је отпорна структура која се формира унутар ћелије бактерије. За разлику од спора плесни, бактеријска ендоспора је посебно прилагођена да се одупре неповољним условима околине. Кључна карактеристика бактеријских ендоспора је једињење названо дипиколинска киселина. Ово једињење, иако није распрострањено у спорама плесни, кључно је за посредовање отпорности бактеријских ендоспора на неповољне услове околине.
Постоје бројне друге разлике између бактеријских ендоспора и спора плесни. Већина њих је, опет, повезана са основном разликом између еукариотске и прокарионтске ћелије. Многе друге органеле, осим већ описаних, присутне су у спора плесни, али одсутне у бактеријској ендоспори. То укључује структуру која се назива Голгијев апарат и друге попут такозваног нуклеолуса. Нуклеолус је структура унутар језгра еукариотских ћелија и активан је у синтези протеина пресудној за функцију ћелија. Бактеријске ендоспоре обављају многе исте кључне животне функције као и споре плесни, али то раде без предности софистицираних органела садржаних у спорама плесни.