Микроорганизми пронађени у канализацији потичу из два извора - тла и санитарног отпада. Према веб страници Моунтаин Емпире Цоммунити Цоллеге, један милилитар канализације обично садржи између 100.000 и милион микроорганизама. Док већина ових организама, као што су разне врсте бактерија, играју кључну улогу у разградњи отпада и јесу који се сматрају интегралном компонентом органске материје, неке су патогене или преносе болест и представљају опасност за јавност Пустара.
Паразитске бактерије
Бактерије су једноћелијски организми који се размножавају у суспендованој материји, попут муља. Када наиђу на залиху хранљивих састојака, хране се уносећи храну директно кроз ћелијски зид и брзо се размножавају. Међу бројним врстама бактерија у канализацији, најчешће врсте су фекалне колиформе, које потичу из црева човека и путују кроз људска испуштања. Ове паразитске бактерије захтевају живи организам или домаћина и лако доступну храну.
Патогене бактерије
Специфични облици паразитских бактерија производе токсине који узрокују болести у организму домаћина. Ове патогене врсте бактерија могу ослободити људи који пате од дизентерије, колере, тифусне грознице и других болести црева. Патогени који се обично налазе у канализацији укључују Салмонелу, Шигелу, Е. цоли, Стрептоцоццус, Псеудомонас аерогиноса, мицобацтериум и Гиардиа Ламблиа, према веб локацији Савета за квалитет и здравље вода. Избијање шигелозе резултат је слатководних шкољки загађених протоком отпадних вода, како су забележили амерички Центри за контролу и превенцију болести. Због раста популације и повећаног испуштања у отпадне воде, резултујуће обиље патогених бактерија надвладава природне процесе разградње и разблаживања.
Сапрофитне бактерије
Сапрофитне бактерије прождиру мртве органске супстанце, што помаже разградњи отпада на неорганске и органске нуспроизводе. Ове бактерије играју кључну улогу у третману канализације олакшавајући или убрзавајући процес разградње органске материје. Без сапрофитних бактерија можда неће доћи до распадања. Различите врсте сапрофитних бактерија пропадају након што су одиграле своју улогу у релевантној фази разградње.
Вируси
Међу микробима који се налазе у канализацији налазе се вируси, који су паразитски организми којима је потребна жива материја да би се хранила, расла и размножавала. Патогени вируси који постоје у отпадним водама укључују полио и хепатитис. Разни цревни вируси, као што су коксаки, аденовирус и ЕЦХО, или ентерично цитопатско људско сироче, такође се налазе у отпадним водама. Још један уобичајени тип вируса у канализацији, који лови бактерије, али не и људе, познат је као фаг или бактериофаг. За разлику од бактерија, број патогених вируса у канализацији је мали. Према веб локацији Моунтаин Емпире Цоммунити Цоллеге, један заразни вирус може постојати међу процењених милион колиформних бактерија.