Биохемичари и молекуларни биолози користе електрофорезу за одвајање макромолекула попут протеина и нуклеинских киселина. То омогућава научницима да изолују и анализирају појединачне протеине или секвенце нуклеинских киселина у сложеној смеши. Типичан пример електрофорезе у лабораторији је микробиолог који користи ланчану реакцију полимеразе (ПЦР) за одвајање фрагмената ДНК произведених у микробној заједници. Без обзира на сврху, електрофореза увек захтева употребу пуферског раствора.
ТЛ; ДР (предуго; Нисам прочитао)
Електрофореза раздваја макромолекуле попут протеина и нуклеинских киселина по величини, наелектрисању и другим својствима. За електрофорезу која се раздваја наелектрисањем, научници користе пуфер за пренос тог наелектрисања кроз гел. Пуфер такође одржава гел на стабилном пХ, минимализујући промене које би се могле догодити у протеину или нуклеинској киселини ако се подвргну нестабилном пХ.
Принципи електрофорезе
Електрофореза раздваја молекуле дуж градијента на основу њихове величине, наелектрисања или других својстава. Тај градијент може бити електрично поље или, у случају електрофорезе са деградирајућим градијентним гелом (ДГГЕ), денатурант као што је смеша урее и формамида. Протеини ће мигрирати према аноди ако су негативно наелектрисани, а према катоди ако су позитивно набијени. С обзиром да се већи молекули мигрирају спорије од мањих, научници могу измерити пређени пут и помоћу логаритама одредити величину фрагмената.
Денатурацијска градијентна електрофореза у гелу
Са ДГГЕ, ДНК се креће градијентом све веће снаге денатурације све док снага не буде довољна да у потпуности денатурира, или развије тај одређени фрагмент ДНК. У овом тренутку миграција престаје. Научници могу користити ову методу за одвајање фрагмената на основу њихове индивидуалне осетљивости на денатурацију.
Шта бафер ради
У случају електрофорезе која се одваја на основу наелектрисања, јони у пуферу преносе наелектрисање неопходно за одвајање. Пуфер, обезбеђујући резервоар слабе киселине и базе, такође одржава пХ у уском опсегу. Ово је важно, јер ће се структура и наелектрисање протеина или нуклеинске киселине променити ако се подвргну значајним променама пХ, чиме се спречава правилно раздвајање.
Типични одбојници
Различити пуфери су идеални за одржавање гела за електрофорезу у различитим жељеним опсезима пХ. Типични пуфери које научници користе у ове сврхе укључују сирћетну киселину, борну киселину, фосфорну киселину и лимунску киселину, као и глицин и таурин. Генерално, вредност пКа (константа дисоцијације киселине) треба да буде близу захтеваног пХ. За нас је пожељније да пуфери пружају малу величину наелектрисања како не би проводили превише струје.