Примарни ефекат уништавања станишта је смањење биодиверзитета, што се односи на разноликост и обиље различитих врста животиња и биљака у одређеном окружењу. Када животиња изгуби природни дом или станиште потребно за опстанак, њен број брзо опада и креће се ка изумирању. Процењује се да 14.000 до 35.000 врста ризикује да изумру, а уништавање станишта је један од главних узрока.
Опрашивање и ширење семена
И дивље и пољопривредне биљке зависе од опрашивања ради репродукције. Воће и поврће, кључне компоненте човекове исхране, зависе од пчела и других инсеката да би пренијели полен са цвета на цвијет. Када уништавање станишта смањи сорте ових опрашивача, пада и принос усева. На пример, пчеле без убода у Костарики које се гнезде само у шумама повећавају принос у плантажама кафе смештеним у близини шумских мрља за 20 процената. Многе биљке се такође ослањају на животиње, посебно оне које једу воће, за ширење семена. Уништавање станишта животиња овог типа може озбиљно утицати на биљне врсте које зависе од њих.
Регулација климе
Биодиверзитет утиче на климу углавном регулацијом количине угљен-диоксида у атмосфери. Уништавање шумских станишта смањује способност шума да апсорбује угљен-диоксид. Стопа раста и дрвеност биљке одређује брзину промета угљеника у њој. Узорци пејзажа су такође важни, јер је секвестрација угљеника смањена на ивицама фрагмената шуме. Морски екосистеми такође играју значајну улогу у секвестрацији угљеника.
Сузбијање штеточина и болести
Штеточине често циљају одређене врсте биљака. Када су станишта уништена и биљна разноликост смањена, животна средина садржи више одређене врсте биљака. Ово олакшава ширење штеточина. Биљна разноликост пружа станишта већем броју инсеката и других животиња и природним непријатељима штеточина. Гљивичне биљне болести теже су у областима монокултуре где се узгаја једна врста усева.
Индиректни ефекти
Производња хране, одеће и склоништа за људе на много индиректних начина зависи од биодиверзитета екосистема. Велика разноликост пољопривредних усева штити пољопривреднике од пропадања усева. Уништавање станишта и смањење разноликости врста могу учинити екосистеме рањивијим на инвазивне врсте и индиректно утичу на људско здравље и благостање. Ефекат инвазивних врста илуструје оно што се догодило када је бас уведен у језеро Гатун у Панами. Присуство баса резултирало је смањењем грабљивица ларви комараца и повећањем инциденце маларије.