Трансмисиони електронски микроскоп (ТЕМ) и скенирајући електронски микроскоп (СЕМ) су микроскопске методе за преглед изузетно малих узорака. ТЕМ и СЕМ се могу упоређивати у методама припреме узорака и примени сваке технологије.
Обе врсте електронских микроскопа бомбардују узорак електронима. ТЕМ је погодан за проучавање унутрашњости предмета. Бојење даје контраст, а резање ултра танке узорке за испитивање. ТЕМ је погодан за испитивање вируса, ћелија и ткива.
Узорци прегледани путем СЕМ-а захтевају проводљиву превлаку попут злата-паладијума, угљеника или платине да би сакупили вишак електрона који би заклонили слику. СЕМ је погодан за преглед површине предмета као што су макромолекуларни агрегати и ткива.
Електронски пиштољ производи ток електрона који су фокусирани сочивом кондензатора. Кондензовани зрак и преношени електрони фокусирају се сочивом у слику на екрану са фосфорном сликом. Тамнија подручја слике указују на то да је преношено мање електрона и да су та подручја дебља.
Као и код ТЕМ-а, сочиво ствара и кондензује сноп електрона. Ово је објектив курса за СЕМ. Друга сочива формирају електроне у чврст, танак сноп. Скуп калемова скенира сноп на сличан начин као телевизор. Треће сочиво усмерава сноп у жељени део узорка. Сноп се може задржавати на одређеној тачки. Зрак може скенирати читав примерак 30 пута у секунди.
