Природно мочварно земљиште је сложени екосистем. Попут осталих екосистема, било на копну или на води, многи фактори утичу на облик и функцију мочвара. И биотски и абиотски фактори и процеси су саставни део природног мочварног екосистема. Израз "биотички" односи се на жива бића. Израз "абиотски" односи се на материјале, процесе или факторе који нису живи.
Вода
Вода је сама по себи можда најзначајнији абиотски фактор у природним мочварама. Иако је неопходна за практично све биолошке процесе, сама вода није жива и може се појавити независно од живих бића. У природним мочварама вода је средина у којој читав екосистем постоји и функционише. Мочваре у регионима који су у прошлости били залеђени - у облику масивних ледених покривача - свој рани почетак можда дугују моћним ефектима глечера. Дакле, чак је и вода у том драматично другачијем облику била значајан фактор у развоју мочвара.
Ваздух
За разлику од воде, ваздух се састоји од више хемијских једињења. Кисеоник, азот, угљен-диоксид и неколико других гасовитих супстанци чине хемијски састав ваздуха. Ваздух, посебно кисеоник који је у њему, још је један важан критични фактор у природним мочварама. Практично било који мочварни екосистем садржи многе врсте биљака и животиња. Зелене биљке користе угљен-диоксид из ваздуха; заузврат, ослобађају кисеоник као отпадни производ. Животиње раде обрнуто; они узимају и користе кисеоник и дају угљен-диоксид као отпадни производ. Иако постоје организми који могу и живе и расту у одсуству кисеоника, велика већина њих животни облици у природној мочвари - и под водом и изнад њене површине - захтевају кисеоник из ваздух.
Сунчева светлост
Светлост од сунца је суштински абиотски фактор у природним мочварама. Сунчева светлост даје енергију потребну биљкама за спровођење фотосинтезе. Та иста енергија се преноси на друге организме у мочварном подручју кроз прехрамбени ланац или мрежу хране. А температура је, наравно, абиотски фактор који је директно повезан са количином енергије коју мочвара добија од сунца.
Минерали
Испод воде, на дну природне мочваре, налазе се седиментни материјали различитих врста. Велики део овог материјала је органски или биотски и настаје распадањем остатака живих организама у мочвари. Али у овом седиментном материјалу постоји и минерална компонента. Минералне честице различитих врста и величина мешају се са органским материјалом. Баш као и у копненим екосистемима, биљке у природном мочвару морају добити абиотичне минералне хранљиве материје да би могле да живе и расту. А минерали нису ограничени на седименте на дну; могу се растворити директно у води, где формирају сложену природну хемијску мешавину која утиче на факторе као што је пХ, мера киселости у води.
Стене
Поред релативно малих честица минералних седимената, у мочварама су често и веће стене различитих величина и врста. Било да је то масиван, непрекидни слој темељне подлоге који лежи испод мочваре и формира њен темељ, или релативно мањи стене које су под водом или које стрше изнад површине, стене су код многих значајан абиотски фактор мочваре. Поред тога што обезбеђују подлогу биљкама и животињама да или расту или се усидре на стенама природни процеси временских утицаја - постепено се разграђују и пружају минералне хранљиве састојке мочвари екосистем.