Смештен делимично у северним Андима, са обалама Тихог океана и Карипског мора, Јединствена географија Колумбије ствара пет врло препознатљивих екосистема унутар њених граница: алпску тундру или парамо; прашума; високогорске облачне шуме; приморски региони; и равнице - или лос љанос. Будући да је Колумбија толико близу екватора, не пролази кроз значајне сезонске варијације.
Парамос
Парамоси су тропски екосистеми на великим надморским висинама које научна заједница тек почиње да разуме. Истраживања су показала да ови јединствени екосистеми генеришу нове врсте брже од било ког другог екосистема на Земљи. Колумбијски парамос је дом за 68 врста фраилејонес, цветних биљака које захваћају воду из маглице која пролази. Заједно са лишајевима и маховином екосистема, фраилејони филтрирају и регулишу воду која на крају прелази у доња узвишења Колумбије. Колумбијски парамос такође је дом за око 5.000 других јединствених биљних врста.
Цлоуд Форестс
Непосредно испод парамоса у узвишењу налазе се облачне шуме Колумбије. Ове шуме су укључене у национални парк Лас Оркуидеас, назван по више од 200 врста орхидеја које се тамо налазе. Облачне шуме садрже и многе друге врсте пореклом из Колумбије, укључујући врсте јагуара, пума, мајмуна, јелена, птица, слепих мишева и инсеката. Облачне шуме такође су дом угроженом наочару медведу. Научници верују да климатске промене могу утицати на медвеђе омиљене биљке које једу - приморавајући их да теже и даље траже храну и можда их стављајући у конкуренцију другим врстама.
Амазон Раинфорест
Приближно трећину Колумбије покрива Амазон; као и остатак највеће кишне шуме на свету, ово подручје је дом бројним јединственим врстама. 2013. године истраживачи су открили откриће две нове врсте у колумбијској Амазонији: Церцосаура хипноидес и Цаллицебус цакуетенсис. Церцосаура хипноидес је мали црни гуштер за кога се сматра да је угрожен, а Цаллицебус цакуетенсис је једна од око 20 врста мајмуна тити који живе у Амазонији. Када су ови мајмуни бебе, они своје задовољство и наклоност показују мукањем, попут мачића.
Приморски региони
Смештене на границама водених и копнених екосистема, обалске регије Колумбије су дом првенствено шума мангрова. Због великог обима органске материје која се распада, ови обални екосистеми су дом великом броју риба. Шуме мангрова садрже бројне врсте мангрова, као и растућу популацију морских шкољки и мекушаца; локалне заједнице често беру шкољке познате као пиангуа хембра. Бројни сисари насељавају ове шуме мангрова, укључујући тигрове мачке, нутрије и дивље свиње познате као „татабро“.
Лос Љанос (равнице)
Травњаци, или Лос Лланос, налазе се првенствено око слива реке Ориноко, смештеног између Колумбије и Венецуеле. Сама река дом је домаћег и угроженог крокодила Ориноко, за који је познато да достиже 23 метра дужине. Ориноко корњача, џиновска видра, џиновски армадило и орао црно-кестењастих врста остале су угрожене врсте Лос Љаноса. Равнице такође угошћују бројне птице селице, попут жутих ногу и неколико врста пешчара.
