Само нешто мање величине од америчке државе Колорадо, екосистеми Новог Зеланда суочавају се са многим еколошки изазови јер је земља истовремено и економски развијена држава и острво заједнице. Иако се многе развијене земље попут Сједињених Држава суочавају са сличним претњама екосистема, попут инвазивних врста и индустријског загађења, острвске државе попут Новог Зеланда суочавају се са повећаним претњама због глобалног пораста нивоа мора и притиска на природне ресурсе попут океана рибарство.
Инвазивне врсте
Уношење туђих животиња и биљака у екосистеме Новог Зеланда озбиљно је утицало на здравље домаћих врста. Киви, птица која не лети, која је национална животиња у земљи, суочава се са претњом истребљења са 90 посто према Нев Зеаланд Департмент оф Цонсерватион, све нове пилиће убијају инвазивне врсте попут стоата. Инвазивне биљке попут пењачких шпарога такође утичу на шумске екосистеме Новог Зеланда ширењем по подземљу и спречавањем обнављања домаћих биљака.
Индустријско загађење
Процењује се да је половина свих језера на Новом Зеланду загађена, већина река не испуњава здравствене стандарде пливање, а половина свих домаћих риба наведена је као угрожене врсте, према шумама и птицама организација. Здравље ових пловних путева и њихових екосистема погоршава се исушивањем природних мочвара, које делују као филтри за слатководна тела. Организација Форест анд Бирд процењује да је 90 одсто мочвара Новог Зеланда исушено за уоквиривање и развој.
Климатске промене
Као острвска држава, екосистемима Новог Зеланда такође прети пораст нивоа мора изазван глобалним климатским променама изазваним човеком. Новозеландско Министарство за животну средину предвиђа да ће пројектовани раст нивоа мора довести до повећана ерозија приобаља и већи упад морске воде у бочаста ушћа, између осталог претње. Такве промене угрожавају екосистеме дина и приобалних заједница који се могу изгубити ерозијом, те екосуставе ушћа који нису у стању да толеришу сланост чисте морске воде.
Смањење биодиверзитета
Разноликост и здравље биљака и животиња помажу у дефинисању јаког екосистема и обично се називају биодиверзитетом. На Новом Зеланду су лов и уништавање станишта довели до онога што Министарство за животну средину сматра „озбиљним падом“. Званичници процењују да је 32 проценат домаћих и слатководних птица на Новом Зеланду је изумро и сматра се додатних 800 врста животиња, биљака и гљивица претили.
