Иако природне силе могу уништити или напрезати животињску популацију, све веће активности људи довеле су до тога да велики број животиња постане угрожен. Додуше, неке животиње и биљке, посебно припитомљене попут усева, стоке и кућних љубимаца, имале су користи и чак су процветале од промена које је човек направио у свету. Међутим, неке популације животиња су изложене огромном притиску као резултат ових промена, ау неким случајевима популације опадају на знатно ниже нивое. Мале популације или организми са ограниченом дистрибуцијом изузетно су осетљиви на факторе који узрокују угрожености, било да се ослања на уобичајени смисао речи или дефиницију угрожене врсте оличене у федерални закон.
Губитак станишта
Један од најзначајнијих узрока угрожених животиња је губитак станишта. Иако се станиште може изгубити услед природних сила (климатске промене, геолошке промене), већи део станишта данас изгубљеног последица је људских активности. Изградња брана, аутопутева, канала, урбанизација и пољопривреда драматично утичу на становнике аутохтоних екосистема. Чак и када делови екосистема остају нетакнути стварајући „острва“, резултирајуће станиште може бити премало или превише раширено да би подржало неку врсту.
Инвазивне врсте
Инвазивне врсте су један од кључних биотичких разлога угрожености животиња. Многе врсте које стижу у нови екосистем су лоше прилагођене и брзо одумиру. Међутим, неке врсте су у стању да искористе екосустав на штету домаћих организама. Мали екосистеми попут оних на острвима значајно су погођени уношењем инвазивних врста, али чак и домаће континенталне и океанске популације могу бити уништене такмичењем или грабежањем освајач.
Прекомерно искоришћавање ресурса
Прекомјеран улов одређене врсте рибе је очигледан и директан узрок да животиња постане угрожена. Али прекомерним искоришћавањем одређене врсте такође могу наштетити (или имати користи) и други организми унутар екосистема. На пример, довела је забринутост да је калифорнијска морска видра разарала популацију уши неселективно убијање морских видра, мењајући равнотежу биотске конкуренције између неколико организми. Смањење морских видри довело је до експлозије у популацији морских јежева који су пасли на задршним постима алги. Како су се алге ослободиле дна и испрале на обалу, организми који су зависили од шума алги били су под повећаним напором.
Патогени и болести
Ширење удомаћених животиња такође је проширило болести повезане са њима на нова подручја света. У неким случајевима су болести заразиле домаће популације које су имале мали отпор инвазивном патогену. Ове болести могу достићи ниво епидемије у домаћем становништву, смањујући њихов број.
Загађење животне средине
Загађење у многим облицима угрозило је многе животиње. Пестициди и друге хемикалије унесене у екосистем могу значајно наштетити нециљаним врстама. На пример, ДДТ који се користи за борбу против комараца на крају је повезан са падом стопе репродукције птица. И други облици загађења, попут термичког, светлосног и бучног, могу смањити стопе преживљавања локалних популација животиња.
