Веома мали број бактерија производи ендоспоре. Само неке од тих врста у врсти Фирмицуте производе ендоспоре, које су непродуктивне структуре које садрже ДНК и део цитоплазме. Ендоспоре нису праве споре, јер нису потомци бактерије. Ендоспоре настају када су бактерије подвргнуте екстремним или неповољним условима животне средине. Могу преживети дуго, чак и када су гладни хране и када су изложени хемикалијама и температурама које би обично убиле бактерије.
Бациллус Бактерије
Бактерије из рода Бациллус су најчешће проучаване од свих бактерија које производе ендоспоре. Бактерије Бациллус су разнолике и успевају у многим различитим срединама. Ендоспоре ове бактерије су врло токсичне за многе организме, укључујући људе. Патоген Бациллус антхрацис је добро познати токсин који су користили и научници и терористи. Међутим, постоје многе друге врсте Бациллус.
Цлостридиум бактерије
Као и друге врсте бактерија које производе ендоспоре, бактерије Цлостридиум су грам-позитивне, што указује да имају сличне карактеристике попут структуре ћелијског зида. Грам-позитивне бактерије су осетљиве на исте или блиско повезане антибиотике. Бактерије из рода Цлостридиум одговорне су за широк спектар људских болести, од благог тровања храном до ботулизма, као и тетануса и гасне гангрене.
Десулфотомацулум Бацтериа
Слично другим бактеријама које производе ендоспоре, бактерије из рода Десулфотомацулум такође су одговорне за кварење хране и болести. Десулфотомацулум бактерије могу проузроковати кварење хране у конзервама. Тамо где их има у изобиљу, производе непријатан мирис сличан сумпору.