Na Zemlji sončna energija poganja vetrove; tako bi na Neptunu, kjer sonce ni veliko večje od zvezde, pričakovali šibke vetrove. Vendar je ravno obratno. Neptun ima najmočnejše površinske vetrove v sončnem sistemu. Večina energije, ki jo poganjajo ti vetrovi, prihaja s samega planeta.
V primerjavi s katerim koli planetom plinskim velikanom je Zemljina atmosfera bazen vedrine. Na Jupiterju vetrovi v Mali rdeči pegi dosežejo 618 kilometrov na uro (384 milj na uro), kar je skoraj dvakrat hitreje kot vetrovi v najhujšem kopenskem orkanu. Na Saturnu lahko vetrovi v zgornjem sloju atmosfere pihajo skoraj trikrat močneje od 1.800 kilometrov na uro (1.118 milj na uro). Tudi ti vetrovi zavlečejo tiste blizu Neptunove Velike temne pege, ki so jo astronomi dosegli s hitrostjo 1.931 kilometrov na uro (1.200 milj na uro).
Tako kot Jupiter in Saturn tudi Neptun ustvari več energije, kot jo prejme od sonca, in ta energija, ki izžareva jedro planeta, poganja močne površinske vetrove. Jupiter oddaja energijo, ki je ostala od nastanka, energija, ki jo oddaja Saturn, pa je v veliki meri posledica trenja, ki ga povzroča helijev dež. Na Neptunu odeja metana, ki je toplogredni plin, ujame toploto. Če bi bil planet podoben Uranu (ki nima notranjega vira energije), bi ta toplota že davno sevala v vesolje. Namesto tega, čeprav so temperature hladne, planet izžareva 2,7-krat več toplote, kot jo prejme sonce, kar je dovolj za poganjanje njegovih divjih vetrov.