Znanstveniki s pomočjo pretočne citometrije razlikujejo med različnimi vrstami celic ali mikroskopskimi organizmi. Je orodje, ki se uporablja v številnih aplikacijah, kot so medicinska diagnostika ali forenzična patologija. Čeprav je to eksperimentalno tehniko dokaj enostavno izvesti, je nastala analiza zapletenih podatkov s pretočnim citometrom je težje zaradi več eksperimentalnih dejavnikov in / ali citometra parametrov. Kot tak je običajno, da se citometrični podatki vizualizirajo in analizirajo z uporabo dodelanih profesionalnih programov, kot sta CELLQuest ali FlowJo. Poznavanje tehnik, strojev in programske opreme pretočne citometrije je potrebno za razumevanje rezultatov, ki jih ti dosežejo poskusi.
Pojasnite cilj poskusa z vprašanjem: "Kakšno vprašanje ali hipoteza smo preiskovali?" To bo potrebne za prilagoditev surovih rezultatov ustrezni obliki in nastavitve za nadaljnjo analizo s statistično citometrijo programske opreme. Naredite vse spremembe, ki so potrebne za prikaz podatkov z ustreznimi nastavitvami (npr. Pozitivne celice, negativni prehod, intenzivnost fluorescence, populacije celic itd.).
Poiščite vrata. Celice lahko razvrstimo v skupine ali jih preprosto opazujemo združene na ploskev gostote ali konturni diagram. Skupine se pogosto ločijo glede na svojo identiteto. Če ena skupina zelo intenzivno obarva določen marker ali protitelo, se sklene, da imajo vsi člani te skupine identiteto določenega celičnega tipa, ki izraža ta marker. Običajno najdemo celice, ki so pozitivne za več kot enega od teh markerjev, te celice pa so običajno vmesni produkt in so označeni kot "dvojno pozitivni".
Poglejte si raztresene slike. Način, kako se skupine celic razpršijo v razpršeni ploskvi, kaže na velikost celic. Celice z zelo velikimi ali velikimi razpršilci so običajno velike celice; lahko pa so velike zgolj zato, ker vsebujejo visok delež citoplazme, ali pa so velike, ker imajo zelo veliko jedro. Glede na biologijo, ki jo preiskujemo, se to seveda med eksperimenti zelo razlikuje.
Poglejte številke. Grafikone prilagodite tako, da bodo na eni osi (ponavadi osi X) prikazani različni parametri, pri čemer se štetje ohrani na osi Y. To kaže na delež vzorčne populacije, ki je pozitiven za določen parameter, kot a pika običajno opazimo pri pozitivno obarvanem vzorcu, ki ga negativna kontrola ne bo imela vzorec.
Oglejte si histograme z več parametri. S prilagoditvijo osi X in osi Y vsakemu predstavljata drug parameter, ki je bil med poskusom, je mogoče globlje razumeti lastnosti vzorca. Tako lahko na primer z nastavitvijo osi X na rdečo fluorescenco in osi Y na zeleno fluorescenco izračunamo vrata v obliki kvadrata za vzorec, ki prikazuje štiri regije kvadranta, v katerih so celice prisotne in obarvane bodisi v rdečo bodisi v zeleno fluorescenco, obe barvi ali v nobenem primeru vse. To omogoča, da se heterogeni vzorec razdeli na sestavne dele in vse prekrivajoče se entitete vizualizirajo in kvantificirajo.
Reference
- "Analiza podatkov pretočne citometrije"; Susan Sharrow; 1991
- „Pretočna citometrija: instrumentacija in analiza podatkov“; Marvin Van Dila; 1985
- „Protokoli protočne citometrije“; Teresa in Robert Hawley; 2004
O avtorju
Palmer Owyoung je magistriral iz mednarodnega poslovanja na Kalifornijski univerzi v San Diegu in Diplomirani umetnik sociologije na Kalifornijski univerzi v Santa Barbari in je izobražen molekulec biolog. Od leta 2006 je svobodni pisatelj. Poleg tega, da piše, je redni trgovec s Forexom in prodajalec interneta.
Foto krediti
Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images