Arhebakterije so organizmi, ki se dejansko biokemično in genetsko zelo razlikujejo od drugih bakterij. Zato so arhebakterije zastareli izraz in so zdaj uvrščene v domeno Archaea. Razvrstitve znotraj te domene so neuradne zaradi razprav o potomstvu mikrobov. Mnogi živijo v ekstremnih temperaturah hidrotermalnih odprtin globoko v oceanu ali v vročih vrelcih, nekateri pa živijo v blatu brez kisika. Drugi živijo v zelo slani vodi, tretji pa v ekstremnih alkalnih ali kislih okoljih ali celo v olju. Naslednji primeri so razvrščeni po taksonomskem redu kraljestva, vrste, razreda, reda, družine, rodu in vrsti.
Hidrotermalna zračna arheja
En primer v domeni Archaea je Metanocaldococcus jannaschii, trenutno uvrščeno med Archaea: Euryarchaeota: Metanobakterije; Metanobakterije: Methanobacteriaceae, Metanocaldococcus in vrste jannaschii. Pridobili so ga iz hidrotermalnega zračnika na dnu oceana, ki živi pri tlakih več kot 200 atmosfer in temperaturah nad 85 stopinj Celzija. Preživi brez kisika in proizvede metan kot produkt njegove presnove.
Arheje, ki uspevajo v človeškem črevesju
Methanibrevibacter smithii trenutno uvrščena med Arheje; Euryarchaeota; Metanobakterije; Metanobakterije; Metanobakterije; Metanobrevibacter in vrste smithii. Zaseda človeško črevesje in deluje brez kisika. Pretvori CO2 na metan in je pomemben pri razgradnji hranil.
Arheja, ki ljubi sol
Haloquadra walsbyi je trenutno uvrščen med Archaea; Euryarchaeota; Halobakterije; Halobacteriales; Halobacteriaceae; Halokvadrat; in vrste walsbyi. Biva v izredno slanih okoljih in v procesu fotosinteze uporablja energijo sonca. So kvadratne oblike in imajo vrečke, napolnjene s plinom, ki jim omogočajo plavanje. Lahko se tudi povežejo in tvorijo velike liste.
Globokomorske arheje, ki uporabljajo žveplo
Thermococcus litoralis je še ena vrsta globokomorskih termalnih odprtin. Trenutno je razvrščen kot Archaea; Euryarchaeota; Termokoki; Termokokake; Termokoki; in vrste litoralis. Za rast potrebuje žveplo in v nasprotju z drugimi primeri ne proizvaja metana. Uspeva pri visokih temperaturah in je ena izmed arhej, vključno s še odkritimi vrstami.
Majhna, parazitska arheja v klasifikaciji stoji samostojno
Nanoarchaeum equitans je edini znani član podrazreda Nanoarchaeota Archaea. Znanstveniki so ugotovili, da živi na celičnih stenah novega Ignicoccus vrste, najdene na dnu oceana, v bližini termalnih odprtin in v vročem izviru v narodnem parku Yellowstone. Nanoarchaeum equitans, za katero se zdi, da ima parazitsko zvezo z Ignicoccus vrsta, je majhen, s premerom le 400 nanometrov, in zdi se, da uspeva pri temperaturah med 167 in 204 stopinjami Fahrenheita.